<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; "><DIV><BLOCKQUOTE type="cite"></BLOCKQUOTE><DIV><FONT class="Apple-style-span" color="#0000DD">Hi,</FONT></DIV><BR><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I was using Gromacs-3.2-1 for peptide simulations. I first used "pdb2gmx" to generate .gro file and I chose 5 from the following options to include H</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">"Select the Force Field:</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN>0: GROMOS96 43a1 Forcefield (official distribution)</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN>1: GROMOS96 43b1 Vacuum Forcefield (official distribution)</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN>2: GROMOS96 43a2 Forcefield (development) (improved alkane dihedrals)</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN>3: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN>4: Gromacs Forcefield (see manual)</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN>5: gmx Forcefield with hydrogens for NMR stuff (Do NOT use for new runs)"</DIV></BLOCKQUOTE></DIV><DIV><FONT class="Apple-style-span" color="#0000DD"><BR class="khtml-block-placeholder"></FONT></DIV>Question: I assume you read the entire last line here. Why do you need to use ffgmx2 and not e.g. OPLS?<DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Cheers,</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Erik<DIV><DIV><BR><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV>-----------------------------------------------------------</DIV><DIV>Erik Lindahl  &lt;<A href="mailto:lindahl@sbc.su.se">lindahl@sbc.su.se</A>&gt;</DIV><DIV>Assistant Professor, Stockholm Bioinformatics Center</DIV><DIV>Stockholm University, SE 106 91 Stockholm</DIV><DIV>Phone: +46 8 5537 8564     Fax: +46 8 5537 8214</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN> </DIV><BR></DIV></DIV></DIV></BODY></HTML>