Dear Gromacs users,<br>
I want to perform simulations of 3 ns with gromacs, and I believe that
the simulation time is determined in the parameter file (dt and
nsteps). I performed simulation of 0,1 ns with dt=0,002 and nsteps
=50000, and it was ok after 100 minutes. So I am really worried about
how much time a 3 ns simulation can takes!<br>
I realized that if I changed the dt it could go faster (with less time
steps), but every time I did it (dt = 0,004, dt = 0,02, dt = 0,004, dt
= 2) my system collapsed! <br>
It consists of a protein in a box of water... And I read somewhere in
the gromacs forum that&nbsp; for a system (protein and solvent) like
this I could use at most dt = 2 femtoseconds.<br>
So shouldn´t it work?<br>
The Fatal error was always:<br>
<br>
Number of grid cells is zero. Probably the system and box collapsed.<br>
<br>
Any information or advices about would be nice because I am new user of gromacs.<br>
Or the only way is to be very very patient?<br>
<br>
Thank you very much in advance,<br>
Fernando Mattio<br>
<br>