; ; File 'topol.top' was generated ; By user: lindahl (501) ; On host: Erik-Lindahls-Computer.local ; At date: Tue Nov 9 23:38:09 2004 ; ; This is your topology file ; Pentadecane ; ; Include forcefield parameters #include "ffoplsaa.itp" [ moleculetype ] ; Name nrexcl Pentadecane 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB 1 opls_135 1 PDEC CA 1 -0.18 12.011 ; qtot -0.18 2 opls_140 1 PDEC HA1 1 0.06 1.008 ; qtot -0.12 3 opls_140 1 PDEC HA2 1 0.06 1.008 ; qtot -0.06 4 opls_140 1 PDEC HA3 1 0.06 1.008 ; qtot 0 5 opls_135 1 PDEC CB 2 -0.12 12.011 ; qtot -0.12 6 opls_140 1 PDEC HB1 2 0.06 1.008 ; qtot -0.06 7 opls_140 1 PDEC HB2 2 0.06 1.008 ; qtot 0 8 opls_135 1 PDEC CC 3 -0.12 12.011 ; qtot -0.12 9 opls_140 1 PDEC HC1 3 0.06 1.008 ; qtot -0.06 10 opls_140 1 PDEC HC2 3 0.06 1.008 ; qtot 0 11 opls_135 1 PDEC CD 4 -0.12 12.011 ; qtot -0.12 12 opls_140 1 PDEC HD1 4 0.06 1.008 ; qtot -0.06 13 opls_140 1 PDEC HD2 4 0.06 1.008 ; qtot 0 14 opls_135 1 PDEC CE 5 -0.12 12.011 ; qtot -0.12 15 opls_140 1 PDEC HE1 5 0.06 1.008 ; qtot -0.06 16 opls_140 1 PDEC HE2 5 0.06 1.008 ; qtot 0 17 opls_135 1 PDEC CF 6 -0.12 12.011 ; qtot -0.12 18 opls_140 1 PDEC HF1 6 0.06 1.008 ; qtot -0.06 19 opls_140 1 PDEC HF2 6 0.06 1.008 ; qtot 0 20 opls_135 1 PDEC CG 7 -0.12 12.011 ; qtot -0.12 21 opls_140 1 PDEC HG1 7 0.06 1.008 ; qtot -0.06 22 opls_140 1 PDEC HG2 7 0.06 1.008 ; qtot 0 23 opls_135 1 PDEC CH 8 -0.12 12.011 ; qtot -0.12 24 opls_140 1 PDEC HH1 8 0.06 1.008 ; qtot -0.06 25 opls_140 1 PDEC HH2 8 0.06 1.008 ; qtot 0 26 opls_135 1 PDEC CI 9 -0.12 12.011 ; qtot -0.12 27 opls_140 1 PDEC HI1 9 0.06 1.008 ; qtot -0.06 28 opls_140 1 PDEC HI2 9 0.06 1.008 ; qtot 0 29 opls_135 1 PDEC CJ 10 -0.12 12.011 ; qtot -0.12 30 opls_140 1 PDEC HJ1 10 0.06 1.008 ; qtot -0.06 31 opls_140 1 PDEC HJ2 10 0.06 1.008 ; qtot 0 32 opls_135 1 PDEC CK 11 -0.12 12.011 ; qtot -0.12 33 opls_140 1 PDEC HK1 11 0.06 1.008 ; qtot -0.06 34 opls_140 1 PDEC HK2 11 0.06 1.008 ; qtot 0 35 opls_135 1 PDEC CL 12 -0.12 12.011 ; qtot -0.12 36 opls_140 1 PDEC HL1 12 0.06 1.008 ; qtot -0.06 37 opls_140 1 PDEC HL2 12 0.06 1.008 ; qtot 0 38 opls_135 1 PDEC CM 13 -0.12 12.011 ; qtot -0.12 39 opls_140 1 PDEC HM1 13 0.06 1.008 ; qtot -0.06 40 opls_140 1 PDEC HM2 13 0.06 1.008 ; qtot 0 41 opls_135 1 PDEC CN 14 -0.12 12.011 ; qtot -0.12 42 opls_140 1 PDEC HN1 14 0.06 1.008 ; qtot -0.06 43 opls_140 1 PDEC HN2 14 0.06 1.008 ; qtot 0 44 opls_135 1 PDEC CO 15 -0.18 12.011 ; qtot -0.18 45 opls_140 1 PDEC HO1 15 0.06 1.008 ; qtot -0.12 46 opls_140 1 PDEC HO2 15 0.06 1.008 ; qtot -0.06 47 opls_140 1 PDEC HO3 15 0.06 1.008 ; qtot 0 [ bonds ] ; ai aj funct c0 c1 c2 c3 1 2 1 1 3 1 1 4 1 1 5 1 5 6 1 5 7 1 5 8 1 8 9 1 8 10 1 8 11 1 11 12 1 11 13 1 11 14 1 14 15 1 14 16 1 14 17 1 17 18 1 17 19 1 17 20 1 20 21 1 20 22 1 20 23 1 23 24 1 23 25 1 23 26 1 26 27 1 26 28 1 26 29 1 29 30 1 29 31 1 29 32 1 32 33 1 32 34 1 32 35 1 35 36 1 35 37 1 35 38 1 38 39 1 38 40 1 38 41 1 41 42 1 41 43 1 41 44 1 44 45 1 44 46 1 44 47 1 [ pairs ] ; ai aj funct c0 c1 c2 c3 1 9 1 1 10 1 1 11 1 2 6 1 2 7 1 2 8 1 3 6 1 3 7 1 3 8 1 4 6 1 4 7 1 4 8 1 5 12 1 5 13 1 5 14 1 6 9 1 6 10 1 6 11 1 7 9 1 7 10 1 7 11 1 8 15 1 8 16 1 8 17 1 9 12 1 9 13 1 9 14 1 10 12 1 10 13 1 10 14 1 11 18 1 11 19 1 11 20 1 12 15 1 12 16 1 12 17 1 13 15 1 13 16 1 13 17 1 14 21 1 14 22 1 14 23 1 15 18 1 15 19 1 15 20 1 16 18 1 16 19 1 16 20 1 17 24 1 17 25 1 17 26 1 18 21 1 18 22 1 18 23 1 19 21 1 19 22 1 19 23 1 20 27 1 20 28 1 20 29 1 21 24 1 21 25 1 21 26 1 22 24 1 22 25 1 22 26 1 23 30 1 23 31 1 23 32 1 24 27 1 24 28 1 24 29 1 25 27 1 25 28 1 25 29 1 26 33 1 26 34 1 26 35 1 27 30 1 27 31 1 27 32 1 28 30 1 28 31 1 28 32 1 29 36 1 29 37 1 29 38 1 30 33 1 30 34 1 30 35 1 31 33 1 31 34 1 31 35 1 32 39 1 32 40 1 32 41 1 33 36 1 33 37 1 33 38 1 34 36 1 34 37 1 34 38 1 35 42 1 35 43 1 35 44 1 36 39 1 36 40 1 36 41 1 37 39 1 37 40 1 37 41 1 38 45 1 38 46 1 38 47 1 39 42 1 39 43 1 39 44 1 40 42 1 40 43 1 40 44 1 42 45 1 42 46 1 42 47 1 43 45 1 43 46 1 43 47 1 [ angles ] ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3 2 1 3 1 2 1 4 1 2 1 5 1 3 1 4 1 3 1 5 1 4 1 5 1 1 5 6 1 1 5 7 1 1 5 8 1 6 5 7 1 6 5 8 1 7 5 8 1 5 8 9 1 5 8 10 1 5 8 11 1 9 8 10 1 9 8 11 1 10 8 11 1 8 11 12 1 8 11 13 1 8 11 14 1 12 11 13 1 12 11 14 1 13 11 14 1 11 14 15 1 11 14 16 1 11 14 17 1 15 14 16 1 15 14 17 1 16 14 17 1 14 17 18 1 14 17 19 1 14 17 20 1 18 17 19 1 18 17 20 1 19 17 20 1 17 20 21 1 17 20 22 1 17 20 23 1 21 20 22 1 21 20 23 1 22 20 23 1 20 23 24 1 20 23 25 1 20 23 26 1 24 23 25 1 24 23 26 1 25 23 26 1 23 26 27 1 23 26 28 1 23 26 29 1 27 26 28 1 27 26 29 1 28 26 29 1 26 29 30 1 26 29 31 1 26 29 32 1 30 29 31 1 30 29 32 1 31 29 32 1 29 32 33 1 29 32 34 1 29 32 35 1 33 32 34 1 33 32 35 1 34 32 35 1 32 35 36 1 32 35 37 1 32 35 38 1 36 35 37 1 36 35 38 1 37 35 38 1 35 38 39 1 35 38 40 1 35 38 41 1 39 38 40 1 39 38 41 1 40 38 41 1 38 41 42 1 38 41 43 1 38 41 44 1 42 41 43 1 42 41 44 1 43 41 44 1 41 44 45 1 41 44 46 1 41 44 47 1 45 44 46 1 45 44 47 1 46 44 47 1 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5 2 1 5 6 3 2 1 5 7 3 2 1 5 8 3 3 1 5 6 3 3 1 5 7 3 3 1 5 8 3 4 1 5 6 3 4 1 5 7 3 4 1 5 8 3 1 5 8 9 3 1 5 8 10 3 1 5 8 11 3 6 5 8 9 3 6 5 8 10 3 6 5 8 11 3 7 5 8 9 3 7 5 8 10 3 7 5 8 11 3 5 8 11 12 3 5 8 11 13 3 5 8 11 14 3 9 8 11 12 3 9 8 11 13 3 9 8 11 14 3 10 8 11 12 3 10 8 11 13 3 10 8 11 14 3 8 11 14 15 3 8 11 14 16 3 8 11 14 17 3 12 11 14 15 3 12 11 14 16 3 12 11 14 17 3 13 11 14 15 3 13 11 14 16 3 13 11 14 17 3 11 14 17 18 3 11 14 17 19 3 11 14 17 20 3 15 14 17 18 3 15 14 17 19 3 15 14 17 20 3 16 14 17 18 3 16 14 17 19 3 16 14 17 20 3 14 17 20 21 3 14 17 20 22 3 14 17 20 23 3 18 17 20 21 3 18 17 20 22 3 18 17 20 23 3 19 17 20 21 3 19 17 20 22 3 19 17 20 23 3 17 20 23 24 3 17 20 23 25 3 17 20 23 26 3 21 20 23 24 3 21 20 23 25 3 21 20 23 26 3 22 20 23 24 3 22 20 23 25 3 22 20 23 26 3 20 23 26 27 3 20 23 26 28 3 20 23 26 29 3 24 23 26 27 3 24 23 26 28 3 24 23 26 29 3 25 23 26 27 3 25 23 26 28 3 25 23 26 29 3 23 26 29 30 3 23 26 29 31 3 23 26 29 32 3 27 26 29 30 3 27 26 29 31 3 27 26 29 32 3 28 26 29 30 3 28 26 29 31 3 28 26 29 32 3 26 29 32 33 3 26 29 32 34 3 26 29 32 35 3 30 29 32 33 3 30 29 32 34 3 30 29 32 35 3 31 29 32 33 3 31 29 32 34 3 31 29 32 35 3 29 32 35 36 3 29 32 35 37 3 29 32 35 38 3 33 32 35 36 3 33 32 35 37 3 33 32 35 38 3 34 32 35 36 3 34 32 35 37 3 34 32 35 38 3 32 35 38 39 3 32 35 38 40 3 32 35 38 41 3 36 35 38 39 3 36 35 38 40 3 36 35 38 41 3 37 35 38 39 3 37 35 38 40 3 37 35 38 41 3 35 38 41 42 3 35 38 41 43 3 35 38 41 44 3 39 38 41 42 3 39 38 41 43 3 39 38 41 44 3 40 38 41 42 3 40 38 41 43 3 40 38 41 44 3 38 41 44 45 3 38 41 44 46 3 38 41 44 47 3 42 41 44 45 3 42 41 44 46 3 42 41 44 47 3 43 41 44 45 3 43 41 44 46 3 43 41 44 47 3 ; Include Position restraint file #ifdef POSRES #include "posre.itp" #endif ; Include water topology #include "spc.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include generic topology for ions #include "ions.itp" [ system ] ; Name Pentadecane [ molecules ] ; Compound #mols Pentadecane 1