<table width=100%>
<tr>
<td width=100%><font size=3>Dear&nbsp;David ( ML users too ...)<br>
<br>
thanx&nbsp;for&nbsp;the&nbsp;answer ... and obviously sorry for the delay,
but the mailserver of the ML subscribed address had some problems.</font>
<br><font size=3>Here&nbsp;you&nbsp;are&nbsp;some&nbsp;relevant&nbsp;parts&nbsp;of&nbsp;the&nbsp;ligand&nbsp;topology&nbsp;file:<br>
<br>
1.&nbsp;This&nbsp;is&nbsp;the&nbsp;end&nbsp;of&nbsp;the&nbsp;part&nbsp;that&nbsp;does&nbsp;not&nbsp;give&nbsp;any&nbsp;errors:<br>
<br>
<br>
[&nbsp;angles&nbsp;]<br>
;&nbsp;ai&nbsp;&nbsp;aj&nbsp;&nbsp;ak&nbsp;&nbsp;fu&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c0,&nbsp;c1,&nbsp;...<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;460.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;460.2&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C24&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
C4&nbsp;&nbsp;C25&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;460.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;460.2&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C24&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;C5&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;33&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;397.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;397.5&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C24&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;460.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;460.2&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C25&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;C5&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;33&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;397.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;397.5&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C25&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;33&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;397.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;397.5&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C5&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;5&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;460.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;460.2&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
C5&nbsp;&nbsp;&nbsp;C6&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;29&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;460.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;460.2&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
C5&nbsp;&nbsp;C10&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;5&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;29&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;460.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;460.2&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C6&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
C5&nbsp;&nbsp;C10&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
<br>
<br>
.....<br>
<br>
<br>
38&nbsp;&nbsp;39&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;117.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;502.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;117.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;502.1&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C31&nbsp;&nbsp;C32&nbsp;&nbsp;<br>
O33&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;38&nbsp;&nbsp;39&nbsp;&nbsp;41&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;117.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;502.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;117.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;502.1&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C31&nbsp;&nbsp;<br>
C32&nbsp;&nbsp;O32&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;39&nbsp;&nbsp;41&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;126.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;502.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;126.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;502.1&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O33&nbsp;&nbsp;<br>
C32&nbsp;&nbsp;O32&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
<br>
<br>
2.&nbsp;And&nbsp;this&nbsp;is&nbsp;the&nbsp;region&nbsp;that&nbsp;gives&nbsp;the&nbsp;errors&nbsp;:<br>
<br>
<br>
[&nbsp;dihedrals&nbsp;]<br>
;&nbsp;ai&nbsp;&nbsp;aj&nbsp;&nbsp;ak&nbsp;&nbsp;al&nbsp;&nbsp;fu&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c0,&nbsp;c1,&nbsp;m,&nbsp;...<br>
&nbsp;&nbsp;25&nbsp;&nbsp;24&nbsp;&nbsp;26&nbsp;&nbsp;27&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0&nbsp;2448.6&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0&nbsp;2448.6&nbsp;0&nbsp;;&nbsp;imp&nbsp;&nbsp;&nbsp;C12&nbsp;&nbsp;<br>
C13&nbsp;&nbsp;C11&nbsp;&nbsp;O11<br>
&nbsp;&nbsp;18&nbsp;&nbsp;17&nbsp;&nbsp;20&nbsp;&nbsp;19&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0&nbsp;1673.6&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0&nbsp;1673.6&nbsp;0&nbsp;;&nbsp;imp&nbsp;&nbsp;&nbsp;C33&nbsp;&nbsp;<br>
C21&nbsp;&nbsp;O34&nbsp;&nbsp;O35&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;24&nbsp;&nbsp;&nbsp;9&nbsp;&nbsp;23&nbsp;&nbsp;25&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0&nbsp;1673.6&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0&nbsp;1673.6&nbsp;0&nbsp;;&nbsp;imp&nbsp;&nbsp;&nbsp;C13&nbsp;&nbsp;<br>
C14&nbsp;&nbsp;C18&nbsp;&nbsp;C12&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;26&nbsp;&nbsp;25&nbsp;&nbsp;28&nbsp;&nbsp;27&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0&nbsp;1673.6&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0&nbsp;1673.6&nbsp;0&nbsp;;&nbsp;imp&nbsp;&nbsp;&nbsp;C11&nbsp;&nbsp;<br>
C12&nbsp;&nbsp;&nbsp;C9&nbsp;&nbsp;O11&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;35&nbsp;&nbsp;34&nbsp;&nbsp;37&nbsp;&nbsp;36&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0&nbsp;1673.6&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0&nbsp;1673.6&nbsp;0&nbsp;;&nbsp;imp&nbsp;&nbsp;&nbsp;C29&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
O3&nbsp;&nbsp;C30&nbsp;&nbsp;O29&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;39&nbsp;&nbsp;38&nbsp;&nbsp;41&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0&nbsp;1673.6&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0&nbsp;1673.6&nbsp;0&nbsp;;&nbsp;imp&nbsp;&nbsp;&nbsp;C32&nbsp;&nbsp;<br>
C31&nbsp;&nbsp;O32&nbsp;&nbsp;O33&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;35.3&nbsp;&nbsp;836.8&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;35.3&nbsp;&nbsp;836.8&nbsp;0&nbsp;;&nbsp;imp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C4&nbsp;&nbsp;<br>
C24&nbsp;&nbsp;C25&nbsp;&nbsp;&nbsp;C5&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;5&nbsp;&nbsp;29&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;35.3&nbsp;&nbsp;836.8&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;35.3&nbsp;&nbsp;836.8&nbsp;0&nbsp;;&nbsp;imp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C5&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;C6&nbsp;&nbsp;C10&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;7&nbsp;&nbsp;&nbsp;6&nbsp;&nbsp;&nbsp;9&nbsp;&nbsp;&nbsp;8&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;35.3&nbsp;&nbsp;836.8&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;35.3&nbsp;&nbsp;836.8&nbsp;0&nbsp;;&nbsp;imp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C8&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
C7&nbsp;&nbsp;C14&nbsp;&nbsp;C26&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;<br>
</font></table>
<p>
<table width=100%>
<tr>
<td width=100%></table>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">-----------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Luca Mollica<br>
ZRL-IBM Research Center<br>
Saumerstrasse 4<br>
8803, Rueschlikon (Zurich)<br>
CH<br>
<br>
Tel: 0041 - 447248217<br>
<br>
email: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;YLU@zurich.ibm.com &nbsp;<br>
email(alt): ZRLYLU@ch.ibm.com &nbsp;<br>
</font>