Dear Gromacs users:<br>
<br>
I am trying to use the Cholesterol topology file uploaded by <font size="-1">Monika Hoeltje on the Gromacs server, and have a few questions: <br>
<br>
In the &quot;cholesterol.itp&quot; file, it writes:<br>
<br>
[ atoms ]<br>
;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp;
residu&nbsp;&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;
charge&nbsp;&nbsp; ; total charge<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
...<br>
...<br>
[ bonds ]<br>
;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj
funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.153&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 334720.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.153&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 334720.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
....<br>
....<br>
<br>
It is noticed that the some parameters under [bonds] are not given.
What does this mean? How will gromacs know where to look for these
parameters?<br>
<br>
Thanks a lot.<br>
<br>
sincerely,<br>
<br>
Rui<br>
<br>
&nbsp;<br>
<br>
<br>
<br>
</font><br>
<br>