<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

After checking, I found that grompp has used comb-rule 1 for generating

LJ.<br>

<br>

Yang Ye<br>

<br>

<tt>[ defaults ]<br>

; nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeLJ fudgeQQ<br>

&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5&nbsp;&nbsp; 0.833333</tt><br>

<br>

Erik Lindahl wrote:

<blockquote cite="midB962A89D-0BE8-4473-A84B-BB65AF4E947D@sbc.su.se"

 type="cite">Hi Yang, <br>

  <br>

Please include the header [defaults] section from your forcefield. <br>

  <br>

The number of columns is flexible, since both atomic number and&nbsp;

bonded_atomtype fields are optional. <br>

  <br>

Cheers, <br>

  <br>

Erik <br>

  <br>

On Oct 18, 2005, at 7:25 PM, Yang Ye wrote: <br>

  <br>

  <blockquote type="cite">Hi, <br>

    <br>

I have found that 3.3's grompp generates drastically different&nbsp; LJ_SR

and LJ14 parameters for one of my self-defined forcefield&nbsp; (converted

from AMBER). <br>

    <br>

&gt;From gmxdump, <br>

(3.3's tpr) tpx version 40 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ntypes=72 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; functype[0]=LJ_SR, c6= 2.24468820e-20, c12= 3.18825866e-35 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; functype[1]=LJ_SR, c6= 1.61870333e-32, c12= 0.00000000e+00 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; functype[2]=LJ_SR, c6= 1.43123863e-20, c12= 1.22953165e-35 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; functype[3]=LJ_SR, c6= 1.17580789e-26, c12= 0.00000000e+00 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ... <br>

    <br>

They should be <br>

(3.3b's tpr) tpx version 32 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ntypes=72 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; functype[0]=LJ_SR, c6= 3.35273775e-03, c12= 3.95092275e-06 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; functype[1]=LJ_SR, c6= 8.76983977e-05, c12= 8.89523299e-09 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; functype[2]=LJ_SR, c6= 3.08322068e-03, c12= 4.16509010e-06 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; functype[3]=LJ_SR, c6= 4.73846623e-04, c12= 2.59686658e-07 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ... <br>

    <br>

My ffambernb.itp is <br>

[ atomtypes ] <br>

;name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp; 3.9229141156e-07&nbsp; 5.8568793913e-13 <br>

&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp; 0.0000000000e+00&nbsp; 0.0000000000e+00 <br>

... <br>

[ nonbond_params ] <br>

; i&nbsp;&nbsp;&nbsp; j func&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 3.9229141156e-07&nbsp; 5.8568793913e-13 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 0.0000000000e+00&nbsp; 0.0000000000e+00 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; HS&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 3.9229141156e-07&nbsp; 5.8568793913e-13 <br>

... <br>

[ nonbond_params ] <br>

; i&nbsp;&nbsp;&nbsp; j func&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 3.9229141156e-07&nbsp; 5.8568793913e-13 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 0.0000000000e+00&nbsp; 0.0000000000e+00 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; HS&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 3.9229141156e-07&nbsp; 5.8568793913e-13 <br>

... <br>

    <br>

I found that FF provided by gromacs has different column width. Is&nbsp;

this the reason? <br>

    <br>

Thanks. <br>

    <br>

Yang Ye <br>

    <br>

_______________________________________________ <br>

gmx-users mailing list <br>

    <a class="moz-txt-link-abbreviated"

 href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> <br>

    <a class="moz-txt-link-freetext"

 href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>

    <br>

Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www&nbsp;

interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated"

 href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.

    <br>

    <br>

    <br>

  </blockquote>

  <br>

----------------------------------------------------------- <br>

Erik Lindahl&nbsp; <a class="moz-txt-link-rfc2396E"

 href="mailto:lindahl@sbc.su.se">&lt;lindahl@sbc.su.se&gt;</a> <br>

Assistant Professor, Stockholm Bioinformatics Center <br>

Stockholm University, SE 106 91 Stockholm <br>

Phone: +46 8 5537 8564&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fax: +46 8 5537 8214 <br>

  <br>

  <br>

  <br>

  <br>

_______________________________________________ <br>

gmx-users mailing list <br>

  <a class="moz-txt-link-abbreviated"

 href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> <br>

  <a class="moz-txt-link-freetext"

 href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>

  <br>

Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www

interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated"

 href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.

  <br>

  <br>

</blockquote>

<br>

<div class="moz-signature">-- <br>

<i>Regards,</i><br>

Yang Ye<br>

<small><i>Computational Biology Lab<br>

School of Biological Sciences<br>

Nanyang Technological University<br>

Singapore<br>

Tel: 6316-2884<br>

</i></small>

</div>

</body>

</html>