Hi Abel, Andrea,<br>
<br>
The file specbond.dat is used by pdb2gmx. If you have a topology from
the prodrg server, but need to have the ligand covalently linked to the
protein, then you have to merge the two topologies and manually add
bond, angles, dihedrals, improper dihedrals, pairs and maybe additional
exclusions. There were some posts recently on scripts for merging
topologies and if I'm not mistaken the scripts can be downloaded from
the contributions section on <a href="http://www.gromacs.org">www.gromacs.org</a>.<br>
<br>
Hope it helps,<br>
<br>
Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 10/19/05, <b class="gmail_sendername">Andrea Carotti</b> &lt;<a href="mailto:and.carotti@farmchim.uniba.it">and.carotti@farmchim.uniba.it</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear Abel,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;If I'm not wrong, you must add the bond using a file called<br>specbond.dat. By default, the file used is in the gromacs path, but you can<br>modify it and make a copy in the directory when you're working on. You must
<br>specify the atom name, the interacting&nbsp;&nbsp;residue and ligand names, and the<br>distance between them. If everything goes fine, you will see during the<br>preparation steps (perhaps grompp...i don't remember well) the link
<br>creation.<br>Hope this help<br>Andrea<br><br>----- Original Message -----<br>From: &quot;abelius&quot; &lt;<a href="mailto:abelius@gmail.com">abelius@gmail.com</a>&gt;<br>To: &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Sent: Wednesday, October 19, 2005 11:38 AM<br>Subject: Re: [gmx-users] Ligand bond<br><br><br>&gt; It's a covalent bond. When I look at the .gro file before EM the bond is
<br>&gt; there, after EM it no longer is ...<br>&gt; Grompp Doesn't give any warnings.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; David Mobley wrote:<br>&gt;<br>&gt;&gt; The &quot;bond&quot;? Is it covalently bound? If not, what do you mean? Do you get
<br>&gt;&gt; any warnings when you run grompp?<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; On 10/18/05, *abelius* &lt; <a href="mailto:abelius@gmail.com">abelius@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:abelius@gmail.com">abelius@gmail.com</a>
&gt;&gt;<br>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dear all,<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I'm trying to run a simulation of a ligand bound to an enzyme. To<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; produce the *.itp I used the PRODRG server.<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; All goes well a first, but when I try to do an EM the bond between<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; enzyme and protein breaks.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Does anyone knows how I can fix this ?<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; thx in advance,
<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Abel<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org
</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>&gt;.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;------------------------------------------------------------------------<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;_______________________________________________<br>&gt;&gt;gmx-users mailing list
<br>&gt;&gt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&gt;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www
<br>&gt;&gt;interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt;&gt;<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list
<br>&gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www
<br>&gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to 
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)
<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>