Dear all,<br>
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I'm hoping someone can explain more thoroughly to me how exactly mdrun
-rerun works (Gromacs 3.2.1). Based on the manual, it looks like it
should be re-analyzing the trajectory I pass it. Thus, if I rerun the
same trajectory (with nstlist=1), I should get back the same energies,
etc. <br>
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I've tried this several times on a particular system where I need to
reprocess some trajectories, and instead, the output depends on what
starting .gro file I use when I run grompp, not just on the .top and
.trr files that I use for mdrun -rerun. Exactly what role does the .gro
file play?<br>
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For example, if I reprocess a production trajectory after running
grompp on a .gro file that I used for equilibration, my reprocessed
energies are several percent different than they were when I first ran
the trajectory. On the other hand, if I reprocess the trajectory after
running grompp with a .gro file corresponding to the final frame of my
original production trajectory, I get exactly the same energies as I
originally got. <br>
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So what role is the .gro file playing in the analysis? Why are my
results when I reprocess the trajectory dependent on the initial
coordinates used for grompp? <br>
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Thanks,<br>
David Mobley<br>
Dill group<br>
UCSF<br>