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<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>I used 

g_rms<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>to calculate RMSD for peptide 

ligand (inside receptor active site) for 2 ns simulation.<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>I don&#8217;t understand why are the obtained 

values for RMSD so high (are the units nm, or A)? <SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;</SPAN>From the trajectory it looks like 

<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN>ligand is&nbsp;very 

&nbsp;stable.<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>Thank you in 

advance.</SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>Michal <SPAN 

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output:&#8230;</SPAN></P>

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</SPAN>which<SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp; </SPAN>is<SPAN 

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</SPAN>of<SPAN 

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</SPAN>G<SPAN 

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</SPAN>R<SPAN 

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</SPAN>O<SPAN 

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</SPAN>M<SPAN 

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</SPAN>A<SPAN 

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</SPAN>this<SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

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</SPAN>title<SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

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</SPAN>subtitle<SPAN style="mso-tab-count: 1"> </SPAN>DAM after lsq fit to 

DAM<SPAN 

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