<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-2022-jp">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2769" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face="MS UI Gothic" size=2><FONT face="Thorndale, serif" size=3>Hi, 
all of Gromacs users;</FONT>
<P style="MARGIN-BOTTOM: 0cm"><FONT face="Thorndale, serif" size=3>I would like 
to calculate binding free-energy of protein and peptide, or difference of that 
between&nbsp;wild type&nbsp;and mutation-containing one. I am going to use 
thermodynamic integration method. Could anyone let me know a good tutorial ? I 
want to know especially how to describe topology files.</FONT></P>
<P style="MARGIN-BOTTOM: 0cm"><FONT face="Thorndale, serif" size=3>Thank 
you.</FONT></P>
<P style="MARGIN-BOTTOM: 0cm"></FONT><FONT face="MS UI Gothic">Hiromichi 
</FONT></P></DIV></BODY></HTML>