Hello!!<br>
<br>
I downloaded the last gromacs CVS version yesterday using <br>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 8pt; font-family: &quot;Courier New&quot;;" lang="EN-GB">cvs -z3 -d :pserver:anoncvs@cvs.gromacs.org:/home/gmx/cvs
login<br>
cvs -z3 -d
:pserver:anoncvs@cvs.gromacs.org:/home/gmx/cvs co gmx</span><span style="font-size: 8pt; font-family: &quot;Courier New&quot;;" lang="EN-GB"><br>
cvs update -A -r release-3-3-patches</span>
<br>
</p>
I installed it as stated in the website. Then i&nbsp; ran<br>
<br>
&nbsp;pdb2gmx -f 1YPC_met59.pdb -water f3c<br>
<br>
This is part of the output<br>
<br>Making bonds...<br>
Opening library file /home/gromacs/LEONARDO/PROGRAMAS/bin/gmx/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>
Number of bonds was 1059, now 1059<br>
Generating angles, dihedrals and pairs...<br>
Before cleaning: 2808 pairs<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program pdb2gmx, VERSION 3.3<br>
Source code file: pgutil.c, line: 87<br>
<br>
Fatal error:<br>
Atom CB not found in residue 64 while adding improper<br>
<br>
-------------------------------------------------------<br>
<br>
this are the first and last lines of the pdb i used<br>
<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N&nbsp;&nbsp; MET I&nbsp;
20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -11.630&nbsp;&nbsp; 5.328&nbsp;&nbsp;
1.023&nbsp; 0.50 25.84<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; CA&nbsp; MET I&nbsp;
20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10.830&nbsp;&nbsp; 6.245&nbsp;&nbsp;
1.842&nbsp; 0.50 25.77<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; C&nbsp;&nbsp; MET I&nbsp;
20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10.600&nbsp;&nbsp; 7.583&nbsp;&nbsp;
1.122&nbsp; 1.00 25.46<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; O&nbsp;&nbsp; MET I&nbsp;
20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9.908&nbsp;&nbsp; 7.695&nbsp;&nbsp;
0.096&nbsp; 1.00 25.91<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; CB&nbsp; MET I&nbsp;
20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9.516&nbsp;&nbsp; 5.597&nbsp;&nbsp;
2.269&nbsp; 0.50 26.26<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; CG&nbsp; MET I&nbsp;
20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -8.596&nbsp;&nbsp; 6.493&nbsp;&nbsp;
3.054&nbsp; 0.50 26.61<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; SD&nbsp; MET I&nbsp;
20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -7.353&nbsp;&nbsp; 5.480&nbsp;&nbsp;
3.921&nbsp; 0.50 27.29<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; CE&nbsp; MET I&nbsp;
20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -5.854&nbsp;&nbsp; 6.438&nbsp;&nbsp;
3.687&nbsp; 0.50 26.26<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; N&nbsp;&nbsp; LYS I&nbsp;
21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -11.225&nbsp;&nbsp; 8.577&nbsp;&nbsp;
1.736&nbsp; 1.00 24.80<br>
(...)<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 497&nbsp; O&nbsp;&nbsp; VAL I&nbsp;
82&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.544&nbsp; 11.982&nbsp;&nbsp;
3.001&nbsp; 1.00&nbsp; 8.33<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 498&nbsp; CB&nbsp; VAL I&nbsp;
82&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.034&nbsp; 10.892&nbsp;&nbsp;
4.520&nbsp; 1.00&nbsp; 8.78<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 499&nbsp; CG1 VAL I&nbsp;
82&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.354&nbsp;&nbsp; 9.761&nbsp;&nbsp;
5.292&nbsp; 1.00&nbsp; 8.61<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500&nbsp; CG2 VAL I&nbsp;
82&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -5.509&nbsp; 11.010&nbsp;&nbsp;
4.891&nbsp; 1.00&nbsp; 9.72<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 501&nbsp; N&nbsp;&nbsp; GLY I&nbsp;
83&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.912&nbsp; 11.916&nbsp;&nbsp;
5.215&nbsp; 1.00&nbsp; 8.31<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 502&nbsp; CA&nbsp; GLY I&nbsp;
83&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.505&nbsp; 11.680&nbsp;&nbsp;
4.861&nbsp; 1.00&nbsp; 8.56<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 503&nbsp; C&nbsp;&nbsp; GLY I&nbsp;
83&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.524&nbsp; 12.137&nbsp;&nbsp;
5.881&nbsp; 1.00&nbsp; 8.72<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 504&nbsp; O&nbsp;&nbsp; GLY I&nbsp;
83&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.121&nbsp; 13.002&nbsp;&nbsp;
6.681&nbsp; 1.00&nbsp; 8.53<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 505&nbsp; OXT GLY I&nbsp;
83&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.661&nbsp; 11.622&nbsp;&nbsp;
5.866&nbsp; 1.00&nbsp; 9.59<br>
TER&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 506&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLY I&nbsp; 83<br>
<br>
<br>
I am not sure if this is a bug; the residue 64(83) is a glycine, so I
dont understand why it complains about CB atoms. When using opls
pdb2gmx doesn't complain at all.<br>
<br>
leonardo<br>