
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">

<META content="MSHTML 6.00.2900.2769" name=GENERATOR></HEAD>

<BODY>

<DIV>Dear gmx-users and Dr. Yang Ye<BR>&nbsp;<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I need 

to create a cationic dummy atoms for my zinc enzyme. I just d=<BR>o as Dr. Yang 

Ye and the mailing-list told. But the editconf and grompp d=<BR>o not recognize 

my dummy atom when I create a box and a tpr file. At the =<BR>beginning, I just 

run pdb2gmx to create a protein topology file without t=<BR>he zinc cation. And 

then, I add the cationic dummy group to the end of gr=<BR>o file produced by the 

pdb2gmx. After doing this, I try to create a box f=<BR>or my whole system by 

editconf -bt cubic -f pro.gro -o pro_box.gro -p pro=<BR>.top -c -d 1.0. In the 

pro_box.gro, the cationic dummy group was gone. Th=<BR>e both gro file are 

listed here:</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>pro.gro (DZN is dummy group)<BR>---------------------&gt;&nbsp;<BR>&nbsp; 

184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD2 2879&nbsp;&nbsp; 3.932&nbsp;&nbsp; 

1.483&nbsp;&nbsp; 3.431<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NE 

2880&nbsp;&nbsp; 3.834&nbsp;&nbsp; 1.338&nbsp;&nbsp; 3.332<BR>&nbsp; 

184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE 2881&nbsp;&nbsp; 3.747&nbsp;&nbsp; 

1.380&nbsp;&nbsp; 3.360<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ 

2882&nbsp;&nbsp; 3.828&nbsp;&nbsp; 1.229&nbsp;&nbsp; 3.256<BR>&nbsp; 

184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; NH1 2883&nbsp;&nbsp; 3.940&nbsp;&nbsp; 

1.169&nbsp;&nbsp; 3.217<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp; HH11 2884&nbsp;&nbsp; 

4.019&nbsp;&nbsp; 1.219&nbsp;&nbsp; 3.253<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp; HH12 

2885&nbsp;&nbsp; 3.917&nbsp;&nbsp; 1.090&nbsp;&nbsp; 3.161<BR>&nbsp; 

184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; NH2 2886&nbsp;&nbsp; 3.711&nbsp;&nbsp; 

1.180&nbsp;&nbsp; 3.220<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp; HH21 2887&nbsp;&nbsp; 

3.637&nbsp;&nbsp; 1.236&nbsp;&nbsp; 3.258<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp; HH22 

2888&nbsp;&nbsp; 3.725&nbsp;&nbsp; 1.098&nbsp;&nbsp; 3.163<BR>&nbsp; 

184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C 2889&nbsp;&nbsp; 4.340&nbsp;&nbsp; 

1.577&nbsp;&nbsp; 3.248<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1 

2890&nbsp;&nbsp; 4.428&nbsp;&nbsp; 1.679&nbsp;&nbsp; 3.229<BR>&nbsp; 

184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2 2891&nbsp;&nbsp; 4.344&nbsp;&nbsp; 

1.456&nbsp;&nbsp; 3.187<BR>&nbsp; 185DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp; DZ0 2893&nbsp;&nbsp; 

17.682&nbsp;&nbsp; 8.854&nbsp; 32.262<BR>&nbsp; 185DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp; DL1 

2894&nbsp;&nbsp; 18.082&nbsp;&nbsp; 9.354&nbsp; 32.662<BR>&nbsp; 

185DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp; DL2 2895&nbsp;&nbsp; 17.682&nbsp;&nbsp; 8.854&nbsp; 

33.162<BR>&nbsp; 185DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp; DL3 2896&nbsp;&nbsp; 

17.682&nbsp;&nbsp; 9.754&nbsp; 33.162<BR>&nbsp; 185DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp; DL4 

2897&nbsp;&nbsp; 18.582&nbsp;&nbsp; 8.854&nbsp; 

33.162<BR>&nbsp;&lt;-----------------------------<BR>the pro_box.gro (the dummy 

group does not exit)<BR>&nbsp;------------------&gt;<BR>&nbsp; 

184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD 2877&nbsp;&nbsp; 3.957&nbsp;&nbsp; 

1.402&nbsp;&nbsp; 3.379<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD1 2878&nbsp;&nbsp; 

4.004&nbsp;&nbsp; 1.337&nbsp;&nbsp; 3.439<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD2 

2879&nbsp;&nbsp; 3.932&nbsp;&nbsp; 1.483&nbsp;&nbsp; 3.431<BR>&nbsp; 

184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NE 2880&nbsp;&nbsp; 3.834&nbsp;&nbsp; 

1.338&nbsp;&nbsp; 3.332<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE 

2881&nbsp;&nbsp; 3.747&nbsp;&nbsp; 1.380&nbsp;&nbsp; 3.360<BR>&nbsp; 

184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ 2882&nbsp;&nbsp; 3.828&nbsp;&nbsp; 

1.229&nbsp;&nbsp; 3.256<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; NH1 2883&nbsp;&nbsp; 

3.940&nbsp;&nbsp; 1.169&nbsp;&nbsp; 3.217<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp; HH11 

2884&nbsp;&nbsp; 4.019&nbsp;&nbsp; 1.219&nbsp;&nbsp; 3.253<BR>&nbsp; 

184ARG&nbsp;&nbsp; HH12 2885&nbsp;&nbsp; 3.917&nbsp;&nbsp; 1.090&nbsp;&nbsp; 

3.161<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; NH2 2886&nbsp;&nbsp; 3.711&nbsp;&nbsp; 

1.180&nbsp;&nbsp; 3.220<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp; HH21 2887&nbsp;&nbsp; 

3.637&nbsp;&nbsp; 1.236&nbsp;&nbsp; 3.258<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp; HH22 

2888&nbsp;&nbsp; 3.725&nbsp;&nbsp; 1.098&nbsp;&nbsp; 3.163<BR>&nbsp; 

184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C 2889&nbsp;&nbsp; 4.340&nbsp;&nbsp; 

1.577&nbsp;&nbsp; 3.248<BR>&nbsp; 184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1 

2890&nbsp;&nbsp; 4.428&nbsp;&nbsp; 1.679&nbsp;&nbsp; 3.229<BR>&nbsp; 

184ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2 2891&nbsp;&nbsp; 4.344&nbsp;&nbsp; 

1.456&nbsp;&nbsp; 3.187<BR>&nbsp;&nbsp; 7.34890&nbsp;&nbsp; 7.34890&nbsp;&nbsp; 

7.34890<BR>&nbsp;&lt;---------------------</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><BR>Would you please give me some comments? Thank you very much. 

<BR>&nbsp;<BR>&nbsp; My dummy atom type is listed here: 

<BR>&nbsp;<BR>&nbsp;&nbsp; opls_966&nbsp;&nbsp; DZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

65.37000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

D&nbsp;&nbsp; 3.10000e-01&nbsp; 4.18200e-06<BR>&nbsp;&nbsp; opls_967&nbsp;&nbsp; 

DL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; D&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp; 

0.00000e+00</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp; And my itp file of dummy atoms is listed here.&nbsp; <BR>&nbsp; 

-------------------&gt;<BR>&nbsp; [ moleculetype ]&nbsp; <BR>&nbsp; ; 

molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl&nbsp; <BR>&nbsp; 

dzn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp; <BR>&nbsp;<BR>&nbsp; ; We use a strange order of atoms to make things go 

faster in GROMACS&nbsp; <BR>&nbsp; [ atoms ]&nbsp; <BR>&nbsp; ; 

id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at 

name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cg nr&nbsp;&nbsp; charge 

<BR>&nbsp;<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DZ0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

opls_966&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DL1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_967&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DL2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_967&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DL3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_967&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DL4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_967&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500 </DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp; [ bonds ]<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; DZ0&nbsp;&nbsp;&nbsp; DL1 

<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; DZ0&nbsp;&nbsp;&nbsp; DL2 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DZ0&nbsp;&nbsp;&nbsp; DL3 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; DZ0&nbsp;&nbsp;&nbsp; DL4</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp; [ constraints ] <BR>&nbsp; ; i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

j&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; distance <BR>&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.090000 <BR>&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.090000 <BR>&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.090000<BR>&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.090000 </DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp; [ exclusions ] =20<BR>&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<BR>&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 

<BR>&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 <BR>&nbsp; 

4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 

<BR>&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 </DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp; [ dummies4 ] =20<BR>&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Dummy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

a&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

b&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; d <BR>&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.33333&nbsp; 0.33333 -0.105 <BR>&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33333&nbsp; 0.33333 -0.105 

<BR>&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33333&nbsp; 0.33333 -0.105 

<BR>&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33333&nbsp; 0.33333 -0.105 

<BR>&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33333&nbsp; 0.33333 -0.105 

</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;&lt;---------------------</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>all your bests,<BR>nanyu<BR></DIV></BODY></HTML>