
<html><div style='background-color:'><DIV class=RTE>Dear all,</DIV>

<DIV class=RTE>I'm tryng to carry out a MD simulation on a small RNA fragment using ffamber94&nbsp;in gromacs 3.3.1.</DIV>

<DIV class=RTE>I've modified my PDB file&nbsp;(as described&nbsp;at&nbsp;the web page <A href="http://folding.stanford.edu/ffamber/">http://folding.stanford.edu/ffamber/</A>) and converted it in Gormacs format using pdb2gmx. Then I've solvated my system using editconf (cubic) and&nbsp; genbox&nbsp;(ffamber_tip4p)&nbsp;commads.&nbsp;To neutralize system charge I've added 21 Na+ using genion command. I've minimized the resulting system using the following mdp file.</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp; <BR>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DFLEX_SPC<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; steep<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10000<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10 <BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 

PME<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>fourierspacing&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0.12<BR>fourier_nx&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0<BR>fourier_ny&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0<BR>fourier_nz&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0<BR>pme_order&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 6<BR>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 1e-5<BR>optimize_fft&nbsp;&nbsp;=&nbsp; yes<BR>;<BR>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy minimizing stuff<BR>;<BR>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100.0<BR>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>The minimization was converged after 740 steps and the generated structure look pretty good.</DIV>

<DIV class=RTE>Starting from this structure, to equilibrate solvent, I 've tryed to run a position restrain using the following parameters:</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DPOSRES<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;; ps !<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10000&nbsp;; total 20.0 ps.<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 250<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 

1000<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10 <BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;=&nbsp; PME<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>fourierspacing&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0.12<BR>fourier_nx&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 

0<BR>fourier_ny&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0<BR>fourier_nz&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0<BR>pme_order&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 6<BR>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 1e-5<BR>optimize_fft&nbsp;&nbsp;=&nbsp; yes<BR>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<BR>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp; Na+&nbsp;&nbsp; <BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp; 0.1<BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300&nbsp;&nbsp; 300<BR>; Pressure coupling is on<BR>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 

berendsen<BR>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; isotropic<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>; Generate velocites is on at 300 K.<BR>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300.0<BR>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529<BR></DIV>

<DIV class=RTE>During the grompp I've obtained the following WARNING message for the lines 426, 428, 429, 432 and 441:</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>/usr/local/gromacs/share/gromacs/topffamber94bon.itp:426:22: warning: ISO C reqires whitespace after the macro name</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>This message refer to the * position in these lines of ffamber94bon.itp file:</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>; missing nucleic torsions<BR>#define proper_X_CT_N*_X&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_CM_CT_X&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_CK_N*_X&nbsp; 14.22560&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; -14.22560&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_CB_N*_X&nbsp; 13.80720&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; -13.80720&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_CA_NC_X&nbsp; 

40.16640&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; -40.16640&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_CQ_NC_X&nbsp; 56.90240&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; -56.90240&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_C_N*_X&nbsp;&nbsp; 12.13360&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; -12.13360&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_CM_CM_X&nbsp; 55.64720&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; -55.64720&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_C_NC_X&nbsp;&nbsp; 33.47200&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; -33.47200&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_CA_CM_X&nbsp; 21.33840&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; -21.33840&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_C_NA_X&nbsp;&nbsp; 11.29680&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; -11.29680&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_CA_NA_X&nbsp; 12.55200&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; -12.55200&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_CK_NB_X&nbsp; 83.68000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; -83.68000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_C_CM_X&nbsp;&nbsp; 18.20040&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000&nbsp;&nbsp; -18.20040&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_CA_N2_X&nbsp; 20.08320&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; -20.08320&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>#define proper_X_N*_CM_X&nbsp; 15.48080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; -15.48080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>What I have to do?</DIV>

<DIV class=RTE>Ignoring the warning, position restrain give the following warning :</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>Step 6, time 0.012 (ps) LINCS WARNING</DIV>

<DIV class=RTE>relative costraint deviation after LINCS:</DIV>

<DIV class=RTE>max 0.001535 (between atoms 85 and 86) RMS 0.000106</DIV>

<DIV class=RTE>bond that rotated more than 30 degrees:</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 565&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 566&nbsp;&nbsp;&nbsp;33.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1010&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.1010&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1010</DIV>

<DIV class=RTE>.</DIV>

<DIV class=RTE>.</DIV>

<DIV class=RTE>and so on.</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>Looking at the structures in trajectory file it is possible observe a total distortion of RNA structure.</DIV>

<DIV class=RTE>Then to overcome the problem I've tried to run a simulated annealing taking the RNA fixed:</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;; 1000 ps !<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500000<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10 

<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>fourierspacing&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0.12<BR>fourier_nx&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0<BR>fourier_ny&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0<BR>fourier_nz&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0<BR>pme_order&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 6<BR>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 1e-5<BR>optimize_fft&nbsp;&nbsp;=&nbsp; yes<BR>; Berendsen temperature coupling is on in three groups<BR>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 

berendsen<BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp; 0.1<BR>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; protein&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp; Na+<BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300&nbsp;&nbsp; 300<BR>; Pressure coupling is on<BR>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; isotropic<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 

4.5e-5<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>; Generate velocites is on at 300 K.<BR>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp; 0</DIV>

<DIV class=RTE>annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = single&nbsp;&nbsp; single&nbsp; single<BR>annealing_npoints&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; <BR>annealing_time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 1000 0 50&nbsp; 100&nbsp; 150&nbsp; 200&nbsp; 250 300 350 400 450 500&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 50&nbsp; 100&nbsp; 150&nbsp; 200&nbsp; 250 300 350 400 450 500<BR>annealing_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 30&nbsp; 60&nbsp;&nbsp; 90&nbsp;&nbsp; 120&nbsp; 150 180 210 240 270 300&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 30&nbsp; 60&nbsp;&nbsp; 90&nbsp;&nbsp; 120&nbsp; 150 180 210 240 270 300 </DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>The results are almost the same.</DIV>

<DIV class=RTE>How can I do to equilibrate and simulate my system?</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>I am sorry for the length of my post.</DIV>

<DIV class=RTE>Thanks in advance for all suggestions.</DIV>

<DIV class=RTE><FONT face="Lucida Handwriting, Cursive"></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE><FONT face="Lucida Handwriting, Cursive">Sara Pistolesi</FONT></DIV></div></html>