
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">

<META content="MSHTML 6.00.2900.2769" name=GENERATOR></HEAD>

<BODY>

<DIV>Dear gmx-users,</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am trying to create a dummy 

atom itp file for my cationic dummy force field file for my zinc enzyme, but I 

do fail in create a right itp file. I read the manual, the information is very 

compact. So I hope one of you can give me a hand. By the way, how to add the 

exclusion and constraints for the dummy atoms?</DIV>

<DIV>thank you.</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>the itp file I created is listed here.</DIV>

<DIV>-----------------------</DIV>

<DIV>[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nrexcl<BR>DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>; We use a strange order of atoms to make things go faster in GROMACS<BR>[ 

atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu 

name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at 

name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cg nr&nbsp;&nbsp; 

charge<BR>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

opls_966&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DZ0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000<BR>&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_967&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DL1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500<BR>&nbsp;&nbsp; 

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_967&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DL2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500<BR>&nbsp;&nbsp; 

4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_967&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DL3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500<BR>&nbsp;&nbsp; 

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_967&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DZN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DL4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>[ bonds ]<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2892&nbsp; 2893&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2892&nbsp; 2894&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2892&nbsp; 2895&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2892&nbsp; 2896&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>[ angles ]<BR>&nbsp;2893&nbsp; 

2892&nbsp; 2894&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;2893&nbsp; 2892&nbsp; 

2895&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>&nbsp;2893&nbsp; 2892&nbsp; 2896&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1<BR>&nbsp;2894&nbsp; 2892&nbsp; 2895&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1<BR>&nbsp;2894&nbsp; 2892&nbsp; 2896&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1<BR>&nbsp;2895&nbsp; 2892&nbsp; 2896&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>[ dummies4 ]<BR>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Dummy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

a&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

b&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; d<BR>5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.33333&nbsp; 0.33333 -0.105<BR>[ dummies4 ]<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.33333&nbsp; 0.33333 -0.105<BR>[ dummies4 ]<BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.33333&nbsp; 0.33333 -0.105<BR>[ dummies4 ]<BR>3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.33333&nbsp; 0.33333 -0.105<BR>[ dummies4 ]<BR>4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.33333&nbsp; 0.33333 -0.105</DIV>

<DIV>------------------------------------------</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>thank you</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>all your bests</DIV>

<DIV>nanyu</DIV></BODY></HTML>