
<html><div style='background-color:'><DIV class=RTE>Dear all,</DIV>

<DIV class=RTE>i have a problem concerning a MD simulation on a small RNA structure.</DIV>

<DIV class=RTE>I have minimized the structure in vacum reaching the following result:</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 627&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 627.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.45163e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.40761e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.78574e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.76619e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.44530e+02<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential<BR>&nbsp;&nbsp; -1.23051e+04&nbsp;&nbsp; -1.46899e+03&nbsp;&nbsp; -1.82476e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.01441e+03&nbsp;&nbsp; -9.18396e+03<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>The structure semms pretty good, but when I add water (ffamber_tip4p) to run the energy minimization in the solvent box the LJ (SR)&nbsp;shows to very high values also at the end of minimization:</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.67813e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.44749e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.98629e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.76818e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.42894e+02<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential<BR>&nbsp;&nbsp; -1.23031e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.22337e+04&nbsp;&nbsp; -2.70809e+05&nbsp;&nbsp; -3.59886e+04&nbsp;&nbsp; -2.53439e+05<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2031&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2031.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.62036e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.38608e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.55040e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.74683e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.08018e+02<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential<BR>&nbsp;&nbsp; -1.23454e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.91634e+04&nbsp;&nbsp; -3.68597e+05&nbsp;&nbsp; -4.18478e+04&nbsp;&nbsp; -3.60162e+05<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>Then, if I try to run a position restrain or a simulated annealing on the minimized sistem I observe a very high pressure value and sistem crush after few iterations.</DIV>

<DIV class=RTE>What could I do?</DIV>

<DIV class=RTE>Do you think&nbsp;that&nbsp;to lower the system density, to increase the box size or change water topology (ffamber_tip3p)&nbsp;may be good way to overcome the problem?</DIV>

<DIV class=RTE>Bests,</DIV>

<DIV class=RTE>Vincenzo</DIV></div><br clear=all><hr>Un nuovo modo di usare il PC <a href="http://g.msn.com/8HMBITIT/2749??PS=47575" target="_top">Desktop Search</a> E' facile, veloce e potente.</html>