Dear GROMACS users,<br>
<br>
&nbsp; I am doing POPC membrane simulation using gromacs 3.1.4 with:<br>
<br>
pbc = xyz<br>
constraints =&nbsp; hbonds<br>
constraint_algorithm = shake<br>
<br>
put in parameter file. Everything goes without any problems as long as
I run it in serial. However any attempts to continue simulation in
parallel causes either &quot;inconsistent shifts&quot; or &quot;Shake did not converge
in 1000 steps&quot; errors.<br>
In particular when<br>
<br>
unconstrained_start = yes<br>
gen_vel =&nbsp; no<br>
<br>
is set in md.mdp and followed by:<br>
<br>
grompp -f md.mdp -n popc.ndx -deshuf popc_deshuf.ndx -p popc.top -t
popc-serial.trr -c popc-serial.gro -np 2 -shuffle -o popc-parallel.tpr<br>
mpirun -np 2 mdrun_mpi -deffnm popc-parallel<br>
<br>
mdrun crashes with &quot;inconsistent shifts&quot;. Another way around:<br>
<br>
trjconv -f popc-serial.trr -o par-in.gro -s popc-serial.tpr -n popc.ndx -b 25480 -e 25480<br>
grompp -f md.mdp -n popc.ndx -deshuf popc_deshuf.ndx -p popc.top -c par-in.gro -np 2 -shuffle -o popc-parallel.tpr<br>

mpirun -np 2 mdrun_mpi -deffnm popc-parallel<br>
<br>
causes &quot;Shake did not converge in 1000 steps&quot; and simulation crash
within few subsequent steps (here md.mdp was also altered to perform
unconstrained run and preserve velocities). I tried to solve this by
setting GMXFULLPBC to 1 but to no avail in both cases.<br>
<br>
Now, I managed to continue simulation in gromacs 3.2.1 by extracting
last frame from the trajectory (second approach from the above). Doing
grompp with &quot;-t popc-serial.trr&quot; was causing &quot;inconsistent shifts&quot; also
in this version. Anyway, I don't like that solution, as it requires
changing of gromacs version in the middle of simulation and, as far as
I understood, does not perform accurate restart due to precision of
velocities in .gro file.<br>
<br>
Thanks in advance for any clue on what is the reason for such behavior and possible solutions.<br>
<br>
Sincerely Yours,<br>
&nbsp; G. Rydlew<br>