Hi again,<br>
Is &lt; |M| &gt;\S2\N intentionally made equal to &lt; |M|\S2\N &gt;
for t=0? I ask this question because, the difference of these two terms
is almost zero in every calculation. I am not able to understand
exactly how each term is calculated, I understand how epsilon, kirkwood
factor, moments in each direction and total moment are calculated, but
I dont exactly understand how these fluctuations are calculated.......<br>
Hope someone clarifies to me briefly how they are calculated at t =0 and for t = 0 + of the simulation.<br>
Thanks in advance,<br>
Viswam.<br><br><div><span class="gmail_quote">On 11/9/05, <b class="gmail_sendername">David</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
On Wed, 2005-11-09 at 15:36 -0500, Viswanadham Sridhara wrote:<br>&gt; Hello again,<br><br>&gt; The first two vectors &lt; |M|\S2\N &gt; and &lt; |M| &gt;\S2\N&quot; are assumed to be<br>&gt; equal in the very first time step, but from 4ps in th is case, they
<br>&gt; are different, can anyone tell me how they are calculated.<br>&gt; I understand how they are calculated at t-0,<br>&gt;&nbsp;&nbsp; sum[(M\sx \N)^2 (M\sy \N )^2 (M\sz \N)^2] and it is made equal for<br>&gt; both &lt; |M|\S2\N &gt; and &lt; |M| &gt;\S2\N&quot;, so that their ratio is 1, 4th
<br>&gt; column in second file........<br>&gt; But how are they calculated for t =4 ...and so on.....<br><br>The same way, here is the source code from gmx_dipoles.c (e2d converts e<br>nm to Debye).<br><br>void mol_dip(int k0,int k1,atom_id ma[],rvec x[],t_atom atom[],rvec mu)
<br>{<br>&nbsp;&nbsp;int&nbsp;&nbsp;k,kk,m;<br>&nbsp;&nbsp;real q;<br><br>&nbsp;&nbsp;clear_rvec(mu);<br>&nbsp;&nbsp;for(k=k0; (k&lt;k1); k++) {<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;kk = ma[k];<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;q&nbsp;&nbsp;= e2d(atom[kk].q);<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;for(m=0; (m&lt;DIM); m++)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mu[m] += q*x[kk][m];<br>&nbsp;&nbsp;}<br>}<br>
<br>&gt;<br>&gt; --------------------<br>&gt;<br>&gt; I hope I am clear this time....<br>&gt; Thanks in advance<br>&gt;<br>&gt; Viswam..<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; On 11/9/05, Viswanadham Sridhara &lt;<a href="mailto:muta.mestri@gmail.com">
muta.mestri@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hello David,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Then why are the files 11.xvg and 111.xvg same as first half<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of 1.xvg and the second half of 1.xvg respectively, in other<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; words the total dipole moment of the frames for the whole<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; trajectory is same as when calculated separately for the first<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; and second halves and concatenated, but not the dipole plus
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fluctuations...........(22.xvg and 222.xvg are different<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compared to 2.xvg)...<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks,<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; On 11/9/05, David &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">
spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
On Wed, 2005-11-09 at 14:38 -0500, Viswanadham<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Sridhara wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; Hello Everyone,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; Can anyone explain me how g_dipoles exactly work?<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; I am just briefly explaining what I did.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; a) I took the whole trajectory and tried to find<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; dipole moment, --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; &gt;full.xvg (This is with option -o)<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; b)then i divided the whole trajectory into two parts<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; and tried to find<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; the dipole moment, first half--&gt;fh.xvg and second<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; half sh.xvg.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; Obviously fh.xvg and sh.xvg combined is equal to<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; full.xvg.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; But, when i use option -a in g_dipoles, and tried to<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; find &lt;Mu&gt;^2 -<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; &lt;Mu^2&gt; for the whole trajectory, the n umbers I<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; found are different<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; for the trajectory when divided into two parts.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; -------------------<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; g_dipoles -f full.gro -s dppc.tpr -o 1 -a 2 -mu<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.273 -mumax 5.0 -<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; epsilonRF 78.5<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; g_dipoles -f firsthalf.gro -s dppc.tpr -o 11 -a 22 -<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mu 2.273 -mumax<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; 5.0 -epsilonRF 78.5<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; g_dipoles -f secondhalf.gro -s dppc.tpr -o 111 -a<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 222 -mu 2.273 -mumax<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; 5.0 -epsilonRF 78.5<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; -------------------------------------<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; In other words,&nbsp;&nbsp;concatenating 11 and 111 gives me<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.xvg, but not with<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; 22 and 222......<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; How does Gromacs calculate &lt;Mu&gt;^2 and &lt;Mu^2&gt;......<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mu = Sum q R<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; where Mu and R are vectors.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Obviously if you compare two single coordinate files<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the results will be<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; different.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; Thanks in advance,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; Viswam.
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; Viswanadham Sridhara,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; Graduate Research Assistant,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; _______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; gmx-users mailing list<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; list. Use the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt; www interface or send it to gmx-users-<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:request@gromacs.org">request@gromacs.org</a>.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
________________________________________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Biophysics group,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; University.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Husargatan 3, Box
596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124
Uppsala, Sweden<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471
4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46
18 511 755<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="http://xray.bmc.uu.se/~spoel">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ++++++++++++++++++<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
_______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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www interface or send it to gmx-users-<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:request@gromacs.org">request@gromacs.org</a>.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Viswanadham Sridhara,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Graduate Research Assistant,
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Viswanadham Sridhara,<br>&gt; Graduate Research Assistant,<br>&gt; Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.
<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list<br>&gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org
</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://xray.bmc.uu.se/~spoel">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list
<br><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
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Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>