<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
David van der Spoel wrote:
<blockquote cite="mid1131701097.2848.4.camel@vangogh" type="cite">
  <pre wrap="">On Fri, 2005-11-11 at 17:07 +0800, Yang Ye wrote:
  </pre>
  <blockquote type="cite">
    <pre wrap="">David wrote: 
    </pre>
    <blockquote type="cite">
      <pre wrap="">On Fri, 2005-11-11 at 00:17 +0800, Yang Ye wrote:
  
      </pre>
      <blockquote type="cite">
        <pre wrap="">Hi, David

I recently met this error with 3.3 version's mdrun.
"More than 12 graph edges per atom (atom xxxx)"
    
        </pre>
      </blockquote>
      <pre wrap="">Do you have more than 12 bonds for a single atom?
      </pre>
    </blockquote>
  </blockquote>
  <pre wrap=""><!---->You didn't answer this question.
  </pre>
</blockquote>
No. Eight. I was showing this output from mdrun "Max number of graph
edges per atom is 8." to show this point.<br>
<blockquote cite="mid1131701097.2848.4.camel@vangogh" type="cite">
  <pre wrap="">

  </pre>
  <blockquote type="cite">
    <blockquote type="cite">
      <pre wrap="">  
      </pre>
    </blockquote>
    <pre wrap="">I noticed that in the md.log

Max number of graph edges per atom is 8
-------------------------------------------------------
Program mdrun_s_mpi, VERSION 3.3
Source code file: mshift.c, line: 95
Fatal error:
More than 12 graph edges per atom (atom 2256)

Seems a bug in mdrun...
    </pre>
  </blockquote>
  <pre wrap=""><!---->A limitation is something else than a bug.
  </pre>
</blockquote>
Do you notice that why there is a difference in 8 and 12, both of them
referring to the "graph edges per atom".<br>
I found the reason in src/gmxlib/mshift.c. <br>
<br>
g-&gt;maxedge = nnb + 4;<br>
<br>
However, in previous versions (3.1.4, 3.2.1, pre-3.3-cvs), it was +6.
This could be the source of my error.<br>
<br>
Yang Ye<br>
<div class="moz-signature">-- <br>
<i>Regards,</i><br>
Yang Ye<br>
<small><i>Computational Biology Lab<br>
School of Biological Sciences<br>
Nanyang Technological University<br>
Singapore<br>
Tel: 6316-2884<br>
</i></small>
</div>
</body>
</html>