<br><font size=2 face="sans-serif">Hello all, </font>
<br><font size=2 face="sans-serif">I m francois Corradino working at IBM
France . </font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Recently I tried to compile gromacs
on AIX V5.3 running on a Power5 but this task was more difficult than expected
: </font>
<br><font size=2 face="sans-serif">First I get a lot of problems trying
to compile the code &nbsp;because of the library libc.a </font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">*** Warning: Linking the shared library
libnonbonded.la against the</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">*** static library /usr/lpp/ppe.poe/lib/libc.a
is not portable!</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">rm -fr .libs/libnonbonded.lax</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">mkdir .libs/libnonbonded.lax</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">rm -fr .libs/libnonbonded.lax/libnb_kernel.a</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">mkdir .libs/libnonbonded.lax/libnb_kernel.a</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">(cd .libs/libnonbonded.lax/libnb_kernel.a
&amp;&amp; ar x /works/work5/frcor/Gromacs/gromacs-3.3_rc2/src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel/.libs/libnb_kernel.a)</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">ar: Permission denied</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">ar: 0707-113 The fopen system call failed
on file libc.a.</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">gmake[5]: *** [libnonbonded.la] Error
1</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">This problem can be solved erasing the
libc.a from the library libnb_kernel.a. </font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Then I cannot profile the code with
the options -g -pg or put some optimization flags like -qtune or -qarch.
It compiles but when I try to run it I got an error in the file gmxfio.c
concerning a variable nitem</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">static void _check_nitem(int eio,int
nitem,char *file,int line)</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">{</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">&nbsp; if ((nitem != 1) &amp;&amp; !((eio
== eioNRVEC) || (eio == eioNUCHAR)))</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">&nbsp; &nbsp; gmx_fatal(FARGS,&quot;nitem
(%d) may differ from 1 only for %s or %s, not for %s&quot;</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &quot;(%s, %d)&quot;,nitem,eioNames[eioNUCHAR],eioNames[eioNRVEC],</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; eioNames[eio],file,line);</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">}</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">finally I can only run it with the minimal
compiler options 03 -qmaxmem=16384. </font>
<br><font size=2 face="sans-serif">However there is no problem with opteron
e326 (linux) and on the Xeon x336 (linux), the code compile without any
problem and run with no problem. </font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Cordialement / Best regards<br>
<br>
Francois Corradino, Deep Computing Europe / ATS - P.S.S.C - &nbsp;Sce 1459
- Rue de la vieille Poste - &nbsp;BP 1021 - 34006 Montpellier<br>
</font>