<br>Hi Hiromichi,<br><br>You have to add missing side chains using a modeler. When you load the protein in SwissPDB Viewer, this will automatically be done. Be sure to also check the protein for missing residues. This should be indicated in the PDB file. The option -ignh is of no use at all in this case.
<br><br>Tsjerk<br><br><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands
<br>+31 50 363 4336<br>