Dear Gromacs users,<br>
<br>
I tried to add 57792 water molecules to my system, starting from 1 water molecule (from the file water.gro) with the command:<br>
<span style="font-weight: bold;">genbox -cp box12.gro -ci water.gro -o caixaprox1.gro -p genfro1.top -nmol 57792<br>
</span>But I got this strange fatal error during the run of genbox :<br>
<span style="font-weight: bold;">Fatal error: realloc for
nlist-&gt;jjnr (65536 bytes, file ns.c, line 459,
nlist-&gt;jjnr=0x0x&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0)<br>
</span><br>
The genbox tried till :<br>
Try 6835box_margin = 0.315!<br>
Removed 0 atoms that were outside the box<br>
Neighborsearching with a cut-off of 0.45<br>
<br>
With the same command for example to add 200 molecules it seems to work...<br>
<br>
Does anybody has experimented such a situation? I just donīt know what went wrong, some help would be nice.<br>
Thank you very much in advance and best regards,<br>
<br>
Fernando Mattio<br>
<br>
<span style="font-weight: bold;"></span><br>
<span style="font-weight: bold;"></span>