Dear Gromacs users,<br>
<br>
When I tried to run my simulation (that consists of a box with 55969
mol of&nbsp; solvent,&nbsp; one protein and&nbsp; 1860&nbsp; water
molecules to be treated as ice so I applied the frozen group option to
keep itīs&nbsp; original coordenations)&nbsp; with just 26 of my &quot;ice
molecules&quot;&nbsp; everything went ok, but when I tried to run with all
of them I got fatal errors related to table extension, so it crashed
always on step 2.<br>
As an example:<br>
<br>
<font size="1">Step 2&nbsp; Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 8.23596e+14 8.23596e+14 8.23596e+14</font><br>
<br>
<font size="1">Back Off! I just backed up step1.pdb to ./#step1.pdb.11#<br>
<br>
Back Off! I just backed up step2.pdb to ./#step2.pdb.5#<br>
Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program mdrun, VERSION 3.3<br>
Source code file: nsgrid.c, line: 220<br>
<br>
Fatal error:<br>
Number of grid cells is zero. Probably the system and box collapsed.</font><br>
<br>
Also there were warnings like:<br>
<br>
<font size="1">Back Off! I just backed up step0.pdb to ./#step0.pdb.10#<br>
Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>
step 0Warning: 1-4 interaction between 66 and 72 at distance 335518.228 which is larger than the 1-4 table size 20000.000 nm<br>
These are ignored for the rest of the simulation<br>
This usually means your system is exploding,<br>
if not, you should increase table-extension in your mdp file</font><br>
<br>
Ok, at this point I changed the table extension from 1 nm to 2 nm, but
again I got again this kind of error... Then I changed to 20nm, then
200 nm... then 20000nm to see what happens, and always I got the same
problem! And 1-4 interactions distances between atoms&nbsp; always
increased in my tries (the last one as you can see is <font size="1"><font size="2">335518.228 !!!). </font><br>
<font size="2">So when I increase my table extension (as suggested by
the Gromacs message), the distances always increases together and it
fails again... By this way I will never solve the problem...<br>
<br>
So if anyone has ideas about how to solve it (maybe changing other
parameters) or even observations about it, it would be nice if you can
share these informations with me. Thank you very much in advantage.<br>
And best regards,<br>
Fernando Mattio<br>
</font></font>