<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY>Dear all,<br>
&nbsp;&nbsp; I wanted to generate the topology file using x2top command. When I gave the command:<br>
x2top -f conf.gro -o out.top -r out.rtp -param<br>
<br>
it gave me following error:<br>
<font size="2">Select the Force Field:<br>
&nbsp;0: GROMOS96 43a1 Forcefield (official distribution)<br>
&nbsp;1: GROMOS96 43b1 Vacuum Forcefield (official distribution)<br>
&nbsp;2: GROMOS96 43a2 Forcefield (development) (improved alkane dihedrals)<br>
&nbsp;3: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)<br>
&nbsp;4: Gromacs Forcefield (see manual)<br>
&nbsp;5: gmx Forcefield with hydrogens for NMR stuff (Do NOT use for new runs)<br>
4<br>
Looking whether force field file ffgmx.rtp exists<br>
Opening library file /usr/local/gromacs/share/top/ffgmx.rtp<br>
Generating bonds from distances...<br>
Opening library file /usr/local/gromacs/share/top/ffgmx.atp<br>
There are 54 type to mass translations<br>
atom 615<br>
Opening library file /usr/local/gromacs/share/top/ffgmx.n2t<br>
There are 20 name to type translations<br>
Fatal error: No forcefield type for atom OA (4) with 4 bonds<br>
<br>
<font size="3">Where I need to make changes? Please help me out. I
wanted to create a topology file. I started doing it manually but it is
very time-consuming and also it is tedious job. Thanking you in advance.<br>
<br>
Rahul Karyappa<br>
</font></font><br>

</BODY></HTML>
<table><tr><td bgcolor=#ffffff><font color=#000000>*****************************************************************<br>
This email is virus free by TrendMicro Inter Scan Security Suite.<br>
*****************************************************************<br>
</font></td></tr></table>