
<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY>Dear all,<br>

&nbsp; I am creating topology file manually. I have doubt to be

clarified about the format of the file. My partial topology file looks

like this:<br>

<br>

<font size="2">[ moleculetype ]<br>

; Name nrexcl<br>

UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

<br>

[ atoms ]<br>

;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr

resid&nbsp; atom&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

mass<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

AJG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.000&nbsp;

26.9815&nbsp;&nbsp; <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp; OJH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;

-0.800&nbsp; 15.9994 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OJI&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp; -0.800&nbsp; 15.9994<br>

<br>

[ bonds ]<br>

; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<br>

&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

;&nbsp;&nbsp; AJG&nbsp; OJM<br>

&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.125&nbsp;&nbsp;&nbsp; 418400.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.125&nbsp;&nbsp;&nbsp; 418400.0 ;&nbsp;&nbsp; AJG&nbsp;

OJT&nbsp;&nbsp; <br>

<br>

<font size="3">Is it compulsory to put again the atom names at the end of the bonds, angles and dihedrals? And also why the values </font></font><font size="2">0.125&nbsp;&nbsp;&nbsp; 418400.0 <font size="3">need to be types twice? PLease help me out. Thanking you in advance.<br>

<br>

Rahul Karyappa</font><br>

</font><font size="2"><br>

</font>

</BODY></HTML>

<table><tr><td bgcolor=#ffffff><font color=#000000>*****************************************************************<br>

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*****************************************************************<br>

</font></td></tr></table>