Hi Adriana,<br><br>Did you energy minimize your system before this?<br><br>A pretty robust regime to follow is:<br><br>1. energy minimize in vacuum<br>2. energy minimize after solvation<br>3. perform position restrained MD

<br>4. run a short simulation with temperature coupling to equilibrate<br>5. turn on pressure coupling and let the system equilibrate<br>6. harvest<br><br>Cheers,<br><br>Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 11/30/05, 

<b class="gmail_sendername">Adriana Pietropaolo</b> &lt;<a href="mailto:adriana@ms.fci.unibo.it">adriana@ms.fci.unibo.it</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Thanks a lot for your help!<br>Now, I had been able to make a reasonable box with 26000 water molecules<br>and my protein.<br>I used grompp and I processed the topology file with 4 tasks.<br>When I run MD simulation, constraining all bonds to equilibrate my water

<br>molecules there's this error:<br>Constraint error in algorithm Lincs at step 0<br>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.38409e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2.55973e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

4.45790e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5.51719e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2.38409e+04<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;LJ (LR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (LR) Position Rest.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3.85342e+05&nbsp;&nbsp; -5.67173e+03&nbsp;&nbsp; -1.17926e+06&nbsp;&nbsp; -1.72551e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4.23618e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Temperature Pressure (bar)

&nbsp;&nbsp; -9.31678e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2.39317e+05&nbsp;&nbsp; -6.92360e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3.43853e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.93620e+04 I put in my sistem a pressure of 1.013 bar, but I see a pressure of 1.93e+04. The mdrun goes in segmentation fault... I tried to run a NVT too, but nothing.

<br>How can I follow?<br>Thanks in advance,<br>Adriana<br><br><br><br>--<br>_____________________________________________<br>Adriana Pietropaolo,<br>PhD student,<br>dipartimento di Chimica Fisica ed Inorganica,<br>Facolta' di Chimica Industriale

<br>Universita' di Bologna<br>Tel 051/6446992<br>FAX 051/2093690<br>_____________________________________________<br><br><br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">

gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to 

<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)

<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>