<BR><BR><BR><BR>Hi, Dear Gromacs users,<BR>I am interesting in the interaction between some kind of protein and<BR>ice crystal. I hoped to observe the process of the protein binding to<BR>the ice crystal. I have to fix the water molecules in the ice crystal<BR>during the simulation to avoid the ice framework exploding. If I set<BR>the whole ice including all the H and O atoms in the waters into the<BR>freeze gourp, all things are ok .But if I only set the O atoms of the<BR>water in the ice into the Freeze group, simulation would crash and the<BR>log file says that:<BR><BR>&nbsp; t = 0.824 ps: Water molecule starting at atom 3385 can not be settled.<BR>Check for bad contacts and/or reduce the timestep.Wrote pdb files with<BR>previous and current coordinates<BR>Large VCM(group rest): &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00150, &nbsp; &nbsp; -0.01327, &nbsp; &nbsp; -0.00626,<BR>ekin-cm: &nbsp;2.51588e+00<BR>Large VCM(group rest): &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00629, &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00795, &nbsp; &nbsp; -0.00216,<BR>ekin-cm: &nbsp;1.24285e+00<BR>Large VCM(group rest): &nbsp; &nbsp; -0.01347, &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.01582, &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00515,<BR>ekin-cm: &nbsp;5.29648e+00<BR>Large VCM(group rest): &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00745, &nbsp; &nbsp; -0.00744, &nbsp; &nbsp; -0.00052,<BR>ekin-cm: &nbsp;1.28536e+00<BR>Large VCM(group rest): &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00728, &nbsp; &nbsp; -0.00595, &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00223,<BR>ekin-cm: &nbsp;1.07953e+00<BR><BR>Step 1003, time 1.003 (ps) &nbsp;LINCS WARNING<BR>relative constraint deviation after LINCS:<BR>max 10530269184.000000 (between atoms 478 and 479) rms 675239232.000000<BR>bonds that rotated more than 30 degrees:<BR><BR>Is there any one who had met the same situation? Or the Gromacs<BR>program couldn't simulation the strange system like this one?<BR>Anyway, thank you in advance!<BR><BR><BR><BR>--<BR>Sincerely<BR>Hongwei Tan<BR>Department of Chemistry<BR>Beijing Normal University<BR>Beijing China 100875<BR><BR><BR>
<SCRIPT><!--
D(["ce"]);
D(["ms","4ce"]
);

//--></SCRIPT>
<SPAN ></SPAN><br><!-- footer --><br><br><br><br><br><div style="border-bottom:1px solid #999"></div><br>

        <font color="black" style="font-size:14.8px">想 要 一 个 快 n 倍 的 免 费 邮 箱 吗 ？ </font>
        <br>
        <a href="http://www.126.com/help/126fab.htm" target="_blank" style="font-size:12px;line-height:160%;color:blue">126 专 业 电 子 邮 局 —— 全 球 领 先 的 中 文 邮 箱 带 你 进 入 极 速 之 旅
</a>