<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY><font face=Arial size=2>Dear all,<br>&nbsp;&nbsp;I am running MD simulation on my model which consists of polymer, clay and water molecules. I have freezed the clay group in all X Y Z directions. I have inlcuded all the nonbonded interactions in forcefield file. In the clay topology file, as I am freezing the group, I have only included atoms not the bonds, angles and dihedrals.&nbsp;Is it correct or I need to include bonded interactions also? Each unit cell of clay consists of 40 atoms. For every unit cell I have given different charge group nos. Means each charge group consists 40 atoms.<br>&nbsp; When using this topology file I ran the MDrun, it gave me following error:<br>Max #atoms in a chargegroup: 40&gt;32<br><br>So I changed the charge group no. in topology file such that now it one charge group contains 20 atoms. Here I also changed the electrostatics interactions to Ewald. Now when I ran MDrun it gave me following error:<br>Step0: Segmentation fault<br><br>Where am I doing wrong? please help me out.<br>Thanking you.<br><br>Rahul Karyappa</font></BODY></HTML>
<table><tr><td bgcolor=#ffffff><font color=#000000>*****************************************************************<br>
This email is virus free by TrendMicro Inter Scan Security Suite.<br>
*****************************************************************<br>
</font></td></tr></table>