<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1522" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT size=2>If you move the constraits, I think the problem will 
be&nbsp;solved,but i am a bit worried about the structure of ice crystal is 
still kept well as the MD simulation&nbsp;proceeds.If it is ok, would you please 
tell me the result. I am&nbsp;rather interesting&nbsp;in it.&nbsp;</FONT></DIV>
<BLOCKQUOTE 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV style="FONT: 9pt 宋体">----- Original Message ----- </DIV>
  <DIV style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 9pt 宋体; font-color: black"><B>From:</B> 
  <A title=hongwei.tan@163.com href="mailto:hongwei.tan@163.com">Hongwei Tan</A> 
  </DIV>
  <DIV style="FONT: 9pt 宋体"><B>To:</B> <A title=gmx-users@gromacs.org 
  href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 9pt 宋体"><B>Sent:</B> Thursday, December 01, 2005 9:53 
  AM</DIV>
  <DIV style="FONT: 9pt 宋体"><B>Subject:</B> Re: Re: [gmx-users] Can I set only a 
  part of a molecule into freeze group?</DIV>
  <DIV><BR></DIV>
  <P>Thank you.</P>
  <P>If I move the constraints on the ice during the simulation, do you 
  think&nbsp;the problem could be solved?&nbsp;Or&nbsp;there is better method to 
  handle such situation?&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR><BR><BR></P>
  <BLOCKQUOTE 
  style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #a0c6e5 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
    <HR color=#a0c6e5 SIZE=1>
    <BR>-----原始邮件-----<BR>发件人:"zjim" <FIT_TONE@163.COM><BR>发送时间:2005-12-01 
    09:29:53<BR>收件人:"hongwei tan" <HONGWEI.TAN@163.COM><BR>抄送:(无)<BR>主题:Re: 
    [gmx-users] Can I set only a part of a molecule into freeze 
    group?<BR><BR><BR>
    <P>Dear Tan</P>
    <P>&nbsp;</P>
    <P>Such situation may&nbsp;be caused by&nbsp;the bad contacts which 
    contributes to the huge force that make your system unstable (the system 
    seems to be crashed),when you freeze all H2O&nbsp;atoms, the sructure of the 
    ice crystal keeps same&nbsp;as the beginning,so the bad contacts will not 
    happen. While,&nbsp;when&nbsp;only the O atom is set&nbsp;as freezing group, 
    the water can&nbsp;rotate&nbsp;&nbsp;freely while the O atom is fixed, i 
    think this is the cause of bad contacts take place. other, as the ice is 
    stable under 273 K (1 atm), the temperature may be also considered.</P>
    <P><BR><BR><BR>&nbsp;</P>
    <BLOCKQUOTE 
    style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #a0c6e5 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
      <HR color=#a0c6e5 SIZE=1>
      <BR>-----原始邮件-----<BR>发件人:"谭宏伟(Hongwei Tan)" 
      <HONGWEI.TAN@163.COM><BR>发送时间:2005-11-30 
      23:08:18<BR>收件人:gmx-users@gromacs.org<BR>抄送:(无)<BR>主题:[gmx-users] Can I 
      set only a part of a molecule into freeze 
      group?<BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR>Hi, Dear Gromacs users,<BR>I am 
      interesting in the interaction between some kind of protein and<BR>ice 
      crystal. I hoped to observe the process of the protein binding to<BR>the 
      ice crystal. I have to fix the water molecules in the ice 
      crystal<BR>during the simulation to avoid the ice framework exploding. If 
      I set<BR>the whole ice including all the H and O atoms in the waters into 
      the<BR>freeze gourp, all things are ok .But if I only set the O atoms of 
      the<BR>water in the ice into the Freeze group, simulation would crash and 
      the<BR>log file says that:<BR><BR>&nbsp; t = 0.824 ps: Water molecule 
      starting at atom 3385 can not be settled.<BR>Check for bad contacts and/or 
      reduce the timestep.Wrote pdb files with<BR>previous and current 
      coordinates<BR>Large VCM(group rest): &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00150, &nbsp; 
      &nbsp; -0.01327, &nbsp; &nbsp; -0.00626,<BR>ekin-cm: 
      &nbsp;2.51588e+00<BR>Large VCM(group rest): &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00629, 
      &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00795, &nbsp; &nbsp; -0.00216,<BR>ekin-cm: 
      &nbsp;1.24285e+00<BR>Large VCM(group rest): &nbsp; &nbsp; -0.01347, &nbsp; 
      &nbsp; &nbsp;0.01582, &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00515,<BR>ekin-cm: 
      &nbsp;5.29648e+00<BR>Large VCM(group rest): &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00745, 
      &nbsp; &nbsp; -0.00744, &nbsp; &nbsp; -0.00052,<BR>ekin-cm: 
      &nbsp;1.28536e+00<BR>Large VCM(group rest): &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00728, 
      &nbsp; &nbsp; -0.00595, &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00223,<BR>ekin-cm: 
      &nbsp;1.07953e+00<BR><BR>Step 1003, time 1.003 (ps) &nbsp;LINCS 
      WARNING<BR>relative constraint deviation after LINCS:<BR>max 
      10530269184.000000 (between atoms 478 and 479) rms 
      675239232.000000<BR>bonds that rotated more than 30 degrees:<BR><BR>Is 
      there any one who had met the same situation? Or the Gromacs<BR>program 
      couldn't simulation the strange system like this one?<BR>Anyway, thank you 
      in advance!<BR><BR><BR><BR>--<BR>Sincerely<BR>Hongwei Tan<BR>Department of 
      Chemistry<BR>Beijing Normal University<BR>Beijing China 
      100875<BR><BR><BR><SPAN></SPAN><BR><!-- footer --><BR><BR><BR><BR><BR>
      <DIV style="BORDER-BOTTOM: #999 1px solid"></DIV><BR><FONT 
      style="FONT-SIZE: 14px" color=black>想 要 一 个 快 n 倍 的 免 费 邮 箱 吗 ? 
      </FONT><BR><A style="FONT-SIZE: 12px; COLOR: blue; LINE-HEIGHT: 160%" 
      href="http://www.126.com/help/126fab.htm" target=_blank>126 专 业 电 子 邮 局 —— 
      全 球 领 先 的 中 文 邮 箱 带 你 进 入 极 速 之 旅 </A><!-- CoreMail Version 2.5 Copyright (c) 2002-2005 www.mailtech.cn --></BLOCKQUOTE><BR><!-- footer --><BR><BR><BR><BR><BR>
    <DIV style="BORDER-BOTTOM: #999 1px solid"></DIV><BR><FONT 
    style="FONT-SIZE: 14px" color=black>绝 无 广 告 的 网 易 新 一 代 电 子 邮 箱</FONT> 
    <BR><A style="FONT-SIZE: 12px; COLOR: blue; LINE-HEIGHT: 160%" 
    href="http://www.188.com/index.htm?mailsite=163&amp;mailpos=20051128&amp;num=A" 
    target=_blank>国 际 顶 级 杀 毒 反 垃 圾 引 擎,豪 华 带 宽 创 新 web 技 术——真 正 的 行 家 首 选 ! 
</A><!-- CoreMail Version 2.5 Copyright (c) 2002-2005 www.mailtech.cn --></BLOCKQUOTE><BR><BR><BR><BR><SPAN>--------------------------<BR>Hongwei 
  Tan<BR>Department of Chemistry<BR>Beijing Normal University<BR>Beijing China 
  100875<BR><BR>E-mail: <A 
  href="mailto:hongwei.tan@163.com">hongwei.tan@163.com</A><BR></SPAN><BR><!-- footer --><BR><BR><BR><BR><BR>
  <DIV style="BORDER-BOTTOM: #999 1px solid"></DIV><BR><FONT 
  style="FONT-SIZE: 14px" color=black>想 要 一 个 快 n 倍 的 免 费 邮 箱 吗 ? </FONT><BR><A 
  style="FONT-SIZE: 12px; COLOR: blue; LINE-HEIGHT: 160%" 
  href="http://www.126.com/help/126fab.htm" target=_blank>126 专 业 电 子 邮 局 —— 全 球 
  领 先 的 中 文 邮 箱 带 你 进 入 极 速 之 旅 </A>
  <P>
  <HR>

  <P></P>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing 
  list<BR>gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please 
  don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or 
  send it to gmx-users-request@gromacs.org.</BLOCKQUOTE></BODY></HTML>