<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-2022-jp">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2769" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face="MS UI Gothic" size=2><FONT face="Thorndale, serif" size=3>Dear 
Gromacs users;</FONT>
<P style="MARGIN-BOTTOM: 0cm"><FONT face="Thorndale, serif" size=3>I would like 
to calculate the effect of mutation by Thermodynamic Integration. When editing 
topology file describing the mutation from Gly (A state) to Ala (B state) for 
example, I must add to topology file a raw containing both hydrogen bonded to 
alpha carbon of Gly (A state) and methyl group(CH3) of Ala (B state). However, 
there is no atom type corresponding to hydrogen attached to aliphatic carbon. 
What atom type should I use for such hydrogen ? </FONT></P>
<P style="MARGIN-BOTTOM: 0cm"><FONT face="Thorndale, serif" size=3>Thank 
you.</FONT></P>
<P style="MARGIN-BOTTOM: 0cm"><FONT face=Thorndale size=3>Hiromichi</FONT></P>
<P style="MARGIN-BOTTOM: 0cm"><FONT face=Thorndale 
size=3></FONT>&nbsp;</P></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="MS UI Gothic" size=2>Hiromichi Tsurui MD, PhD<BR>Dept. 
Pathology, <BR>Juntendo 
University<BR>Phone:81-3-5802-1039<BR>Fax:81-3-3813-3164<BR><A 
href="mailto:tsurui@med.juntendo.ac.jp">tsurui@med.juntendo.ac.jp</A></FONT></DIV></BODY></HTML>