
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">


<HTML><HEAD>


<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">


<META content="MSHTML 6.00.2900.2180" name=GENERATOR>


<STYLE></STYLE>


</HEAD>


<BODY bgColor=#ffffff>


<DIV><FONT size=2>Hello everyone!</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>I use gromacs3.3/2.1 to simulate a DNA molecule. I want to use 


a box with a xy-hexagon to reduce the calculate&nbsp;time spenting.as 


follows:</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>editconf -f 1.gro&nbsp;-o 2.gro -bt dodecahedron&nbsp;-box 2.5 


2.5 10.5 &nbsp;-angles 60 60 60 </FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>But the result is:</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>the program say:</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;<FONT size=2>Volume: 22.8935 nm^3, corresponds to roughly 10300 


electrons </FONT><FONT size=2>No velocities found</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; system size :&nbsp; 2.139&nbsp; 


2.286&nbsp; 4.242 (nm)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; diameter&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


:&nbsp; 


4.391&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


(nm)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; center&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 


0.000&nbsp; 0.000 -0.000 (nm)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; box vectors :&nbsp; 


2.403&nbsp; 4.144&nbsp; 2.299 (nm)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; box angles&nbsp; 


:&nbsp; 90.00&nbsp; 90.00&nbsp; 90.00 (degrees)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; box 


volume&nbsp; :&nbsp; 


22.89&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


(nm^3)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; shift&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


:&nbsp; 1.875&nbsp; 1.875&nbsp; 0.884 (nm)</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2>&nbsp;new center&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 


1.875&nbsp; 1.875&nbsp; 0.884 (nm)<BR>&nbsp;new box vectors :&nbsp; 2.500&nbsp; 


2.500&nbsp; 2.500 (nm)<BR>&nbsp;new box angles&nbsp; :&nbsp; 60.00&nbsp; 


60.00&nbsp; 90.00 (degrees)<BR>&nbsp;new box volume&nbsp; :&nbsp; 


11.05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


(nm^3)</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>It&nbsp;is obvious wrong!</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>what can&nbsp;I do !!</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>Thanks a lot</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>