Dear gmx-users,<br><br>I'm trying to do a minimization of a protein/lipid system, but I get the following eroor message
when I do grompp:<br>
<br>merge.top:27:13: warning: no newline at end of file<br>......<br>
Fatal error: number of coordinates in coordinate file (merge.gro, 22404) does not match topology (merge.top, 20495).<br><br>My
protein contain 5039 atoms, but in the protein.itp there's just 3130
atoms, I notice that 22404 - 20495 = 5039 - 3130, it seems that the protein.itp misses some atoms. I generate the protein.itp by the following steps: pdb2gmx -f -ignh -ter protein.pdb -o protein.gro -p protein.top,&nbsp; then choose the &quot;0: Gromacs Forcefield (see manual)&quot;, and select &quot;none&quot; when asked to &quot;Select C/N-terminus type&quot;, finally I rename the 
protein.top to protein.itp and include it into the topology file. <br>
<br>I serched the mailing list, some one said it probably had something to do with the cpp, but I don't know how to adjust it, could anybody so kind tell me how to solve this problem? I use SUSE 9.2 and gromacs version 3.1.4
. <br>
<br>
Xin Liu