<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.6944.0">
<TITLE>RE: [gmx-users] can not run parallel</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/plain format -->

<P><FONT SIZE=2>Thanks david for your response. Yes, I lambooted first.I also tried with mpirun -c c2c -O. It runs ok with the single node.<BR>
<BR>
regards,<BR>
<BR>
Abu Naser<BR>
School Of Life Sciences<BR>
Heriot-Watt University<BR>
Edinburgh<BR>
EH14 4AS<BR>
Email: mn2@hw.ac.uk<BR>
Phone: +44(0)1314518265<BR>
Mobile:+44(0)7814877110<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
-----Original Message-----<BR>
From: gmx-users-bounces@gromacs.org on behalf of David van der Spoel<BR>
Sent: Fri 12/9/2005 1:00 PM<BR>
To: Discussion list for GROMACS users<BR>
Subject: Re: [gmx-users] can not run parallel<BR>
<BR>
Naser, Md Abu wrote:<BR>
&gt; Hi All,<BR>
&gt; I have newley installed the lam/mpi and gromacs. When I run mpirun -np 8<BR>
&gt; mdrun_mpi -s .tpr -o .trr -np 8, it gives the following error:<BR>
&gt;<BR>
&gt; mpirun: cannot start mdrun_mpi on n1: No such file or directory<BR>
have you run lamboot?<BR>
&gt;<BR>
&gt; Has anyone got any idea?<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt; Abu Naser<BR>
&gt; School Of Life Sciences<BR>
&gt; Heriot-Watt University<BR>
&gt; Edinburgh<BR>
&gt; EH14 4AS<BR>
&gt; Email: mn2@hw.ac.uk<BR>
&gt; Phone: +44(0)1314518265<BR>
&gt; Mobile:+44(0)7814877110<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt; ------------------------------------------------------------------------<BR>
&gt;<BR>
&gt; _______________________________________________<BR>
&gt; gmx-users mailing list<BR>
&gt; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt; <A HREF="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>
&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>
&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
<BR>
<BR>
--<BR>
David.<BR>
________________________________________________________________________<BR>
David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<BR>
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<BR>
Husargatan 3, Box 596,&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 75124 Uppsala, Sweden<BR>
phone:&nbsp; 46 18 471 4205&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fax: 46 18 511 755<BR>
spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp;&nbsp;&nbsp; spoel@gromacs.org&nbsp;&nbsp; <A HREF="http://xray.bmc.uu.se/~spoel">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</A><BR>
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<BR>
_______________________________________________<BR>
gmx-users mailing list<BR>
gmx-users@gromacs.org<BR>
<A HREF="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
<BR>
<BR>
</FONT>
</P>

</BODY>
</HTML>