Hello everyone,<br><br>I checked the output energy, after SD minimization with my lipid/protein system, found the value is abnormal:<br><br>Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,<br>but did not reach the requested Fmax &lt; 2000.
<br>Potential Energy&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan<br>Maximum force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; inf on atom 9614<br>Norm of force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan<br><br>Then I checked the em.log line by line, found there are two message:<br><br>Stepsize too small, or no change in energy.
<br>Converged to machine precision,<br>but not to the requested precision Fmax &lt; 2000<br><br>Double precision normally gives you higher accuracy.<br>You might need to increase your constraint accuracy, or turn<br>off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file)
<br><br>Infact I did set &quot;constraints = none&quot; in mdp file, and I got the same resulte when changing the stepsize from 0.002 to 0.02. Why I got Potential Energy = nan after SD? What does it mean?<br>I dont know how to over come this problem, could anybody give me some suggestions?
<br><br>Thanks in advance!<br>