<P>
&nbsp; <BR>
Dear all ,<BR>
<BR>
I got following error while using pdb2gmx.<BR>
<BR>
<BR>
Fatal error:<BR>
Atom HD1 in residue HISB 61 not found in rtp entry with 12 atoms<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  while sorting atoms. Maybe different protonation state.<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  Remove this hydrogen or choose a different protonation&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; state.<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  Option -ignh will ignore all hydrogens in the input.<BR>
<BR>
Which one is preferable removal of hydrogen or choise of different protonation state ?<BR>
<BR>
I have not yet tried any one....<BR>
<BR>
Dhananjay
</P>
<br><br>
<a href="http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/sigclick.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1507191490@Middle5?PARTNER=3"><IMG SRC="http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/sigimpress.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1963059423@Middle5?OAS_query=null&PARTNER=3" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>