<div id="RTEContent">&nbsp;Hello,<br> <br> I am trying to run a simulation on an infinite silicon surface.&nbsp; We built the structure from a unit cell and used X2top with pbc option to generate a framework for the itp file.&nbsp; Bonds, angles and dihedrals were generated in prodrg and the ffG43a1bon.itp file was edited to include these additions.&nbsp; Currently, we are trying to run an energy minimzation on the system and are running into&nbsp; the following error:<br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Back Off! I just backed up mem1out.log to ./#mem1out.log.3#<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Getting Loaded...<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Reading file gem1out.tpr, VERSION 3.3 (single precision)<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Loaded with Money<br> <br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Back Off! I just backed up mem1out.edr to ./#mem1out.edr.3#<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Polak-Ribiere Conjugate Gradients:<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; Tolerance (Fmax)&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.00000e+03<br> &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;
 Number of steps&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5000<br> &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; F-max&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.13638e+08 on atom 59586<br> &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; F-Norm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan<br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; -------------------------------------------------------<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Program mdrun, VERSION 3.3<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Source code file: nsgrid.c, line: 226<br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Range checking error:<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; errors that give particles very high velocities you might end up with some<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; coordinates being +-Infinity or
 NaN (not-a-number). Obviously, we cannot<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; energy seems reasonable before trying again.<br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 11875 ]<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Please report this to the mailing list (gmx-users@gromacs.org)<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; -------------------------------------------------------<br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; "I'm Your Worst Nightmare" (Creep)<br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Halting program mdrun<br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; gcq#38: "I'm Your Worst Nightmare" (Creep)<br> <br> We have looked at the data to make sure that we havent created any overlapping atomic coordinates and also made sure the system charge is 0.<br> <br> Any suggestions as to the cause of the error?<br> <br> Morgan<br>
 </div><p>
        
                <hr size=1>Yahoo! Shopping<br> 
Find Great Deals on Holiday Gifts at <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail_us/footer/shopping/*http://shopping.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTE2bzVzaHJtBF9TAzk1OTQ5NjM2BHNlYwNtYWlsdGFnBHNsawNob2xpZGF5LTA1 
">Yahoo! Shopping</a>