<DIV id=RTEContent>Dear All,</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>i do MD simulation of protein in lipid bilayer. Are there any way to apply periodic boundary condition&nbsp; (PBC) in two directions i.e. just XY directions ? For the gromacs option about pbc, there are only two choices (xyz, no). I think that&nbsp;the protein/lipid bilayer system applied pbc in all direction better not make sense than two directions (xy). Anyone can give me suggestion about this case or i misunderstand something?</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>Thanks in advance,</DIV>  <DIV>Chiloo</DIV><p>__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?  Yahoo! Mail has the best spam protection around <br>http://mail.yahoo.com