Dear GROMACS users,<br><br>My minizization problem still got no
resolvment, even I restarted from make hole, using different values for
&quot;hfm&quot;, I got almost the same message when I try to minimize my
lipid/protein system.&nbsp; so I send this mail again asking for help. <br><br>I checked the output energy, after SD minimization with my lipid/protein system, found the values are abnormal:<br>
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Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,<br>
but did not reach the requested Fmax &lt; 2000.
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Potential Energy&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan<br>
Maximum force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; inf on atom 9614<br>
Norm of force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan<br>
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Then I checked the em.log line by line, found there are two message:<br>
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Stepsize too small, or no change in energy.
<br>
Converged to machine precision,<br>
but not to the requested precision Fmax &lt; 2000<br>
<br>
Double precision normally gives you higher accuracy.<br>
You might need to increase your constraint accuracy, or turn<br>
off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file)
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Infact I did set &quot;constraints = none&quot; in mdp file, and I got
the same result when changing the stepsize from 0.002 to 0.02. I
searched this forum, somebody said it is because of bad start
structure, so I restarted from makeing hole, using hfm = 5, 10, 10 then
100, 100, 150, but I still got almost the same result, except that the atom number of &quot;Maximum force&quot; varies, I am new to
gromacs, I've been stuck into this problem for a week, could anybody give me some suggestions? Any suggestions will
be highly appriciated!<br>
<br>
Thanks in advance!