<div id="RTEContent">"generate the structure with two pepetides in one file and name each with different identifier"<br><br>I am not clear about this. Generate one topologies or one .gro file?<br><br>As long as, in [ molecules ] sections, there are separated entry to each chain, it is fine.<br><br>Yang Ye<br><b><i><br>Wang Zhun &lt;wangzhun@pumc.edu.cn&gt;</i></b> wrote:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> Hi, all,<br><br>If I want to simulate the interaction between two peptides, based on previous mailling posts, I should generate two separate .gro structures and .top topologies for each pepetide and combine them for further MD simulation.<br>Now I wonder if I generate the structure with two pepetides in one file and name each with different identifier, can I carry MD simulation in a way of simulation of protein with multiple subunits in the
 FAQ?<br><br>Thanks!<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br>gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</blockquote><br></div>