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<BODY>
<DIV>David:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&gt;<I>&nbsp; &gt; David:<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; <BR></I>&gt;<I>&nbsp; 
&gt;&nbsp; &gt;/ Yinghong wrote:<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; 
/&gt;/<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ David:<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; 
/&gt;&gt;/<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/&nbsp; &gt;/ Dear Dr. 
David:<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ /&gt;/<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; 
/&gt;&gt;/ /&gt;/ According to the shell water model, I used this method to 
<BR></I>&gt;<I> another<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ kind of molecule, 
which is composed of 6 atoms (e.g. benzene).<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; 
/&gt;&gt;/ Initially, I put a dummy and shell particle (a small mass is 
<BR></I>&gt;<I> given to<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ shell, and doing a 
normal dynamcis) in the center of this <BR></I>&gt;<I> hexagon, 
in<BR></I>&gt;<I>  &gt; /&gt;&gt;/ which shell particle is connected to dummy 
through your defined</DIV>
<DIV></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ isotropic polarization 
method.<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ /&gt;/<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; 
/&gt;&gt;/ /&gt;/ Theoretically, polarization can be looked as a 
spring-like<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ connection with constant Kr = 
sqr(qS)/4*PHI*Epsilon*Alpha, and the<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ 
distance between dummy and shell particle can be decided by rsd 
=<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ 4*PHI*Epsilon*Alpha * E0 / qS. Is it 
right?<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ /&gt;/<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; 
/&gt;&gt;/ /&gt;/ Now, in my simulation, I applied an external electric field 
<BR></I>&gt;<I> along<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ Z direction, and the 
interactions (vdws + coulomb) between shell<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ 
particle and all the other atoms are exclued. (Of course, 
here,<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; What I /<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt;&nbsp; 
&gt;&gt;/ did is only to make a test instead of a real case). Obviously, 
for<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ dummy and shell particles, E0 is 
currently only referred to the<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ external 
field, because local field is excluded.<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ 
/&gt;/<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ /&gt;/ Quantitively,&nbsp; I set 
alpha = 0.3 nm^3, qS = 3.0e and E0 = 1.5<BR></I>&gt;<I>  &gt; /&gt;&gt;/ V/nm, 
through "mdrun -debug", alpha and qS can be correctly output,</I>&gt;<I>&nbsp; 
&gt; /&gt;&gt;/ and the calculated value for Kr = 4168 KJ/mol/nm^2 is also in 
the<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ right way. After simulation, I used 
"g_dist" to check the distance<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ between 
dummy and shell particle (rsd) under such electric <BR></I>&gt;<I> field. 
But<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ the calculted value for rsd is only 10 
percent of the theoretical<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ value although I 
have tried for many times.<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ 
/&gt;/<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ /&gt;/ So, Could you tell me some 
possible errors in my defined model,<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ and 
why rsd can not approach to the theoretical value? What is 
the<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ principle for GMX to calculate this 
rsd?<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ /&gt;/<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; 
/&gt;&gt;/ /<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/&nbsp; &gt; Isn't the problem 
nm vs. Ångström?<BR></I>&gt;<I>  &gt; /&gt;&gt;/ I am very sure it is not that 
problem. Upon the parameters mentioned</I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ above, 
rsd should be ~0.1nm theoretically, but my calculation gave 
a<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/ value of only 0.01nm. So, any other 
suggestion?<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;&gt;/<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; 
/&gt;&gt;/<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;/<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; 
/&gt;/<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;/ We have<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; 
/&gt;/<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;/ F = q E = k r or<BR></I>&gt;<I>&nbsp; 
&gt; /&gt;/ r = q E / k<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;/ r = 0.00108 (eV/kj/mol) 
nm<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; /&gt;/&nbsp;&nbsp; = 0.1 nm<BR></I>&gt;<I>&nbsp; 
&gt; /<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; Just realized that I repeated your 
calculation and got the same <BR></I>&gt;<I> result.<BR></I>&gt;<I>&nbsp; 
&gt;&nbsp; &gt; How about exclusions? Have you checked the tpr file for 
that?<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; <BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; Firstly, thanks for 
your calculating in person. Which result did you<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; get, 
0.1nm or 0.01nm?<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt;See above.<BR></I>&gt;<I>&nbsp; 
<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; <BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; In my simulation, I did 
not define the exclusions in top file. Instead,<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; I 
defined two energy groups in mdp file: SHELL &amp; Others. Here, 
I<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; wanna check whether the movement of shell particle 
is only related to<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; external field in the absence of 
any other non-bonded interations<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; between shell and 
other atoms. So, I defined "energygrp_excl = SHELL <BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; 
Others" in mdp files. Is that right?<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt;Maybe, but I'm not 
sure.<BR></I>&gt;<I>&nbsp; <BR></I>&gt;<I> <BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; 
<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt; Besides, I checked the tpr file, which seems 
ok.<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt;Does this mean that all exclusions were 
there?<BR></I>&gt;<I>&nbsp; &gt;Is there interaction energy between shell and 
others in the output edr <BR></I>&gt;<I> file?<BR></I>&gt;<I>&nbsp; 
<BR></I>&gt;<I> Some other information should be useful for your help. Actually, 
I have <BR></I>&gt;<I> succeeded in defining such a shell model previously. In 
those <BR></I>&gt;<I> simulations, I set polarizability alpha = 0.05 nm^3,&nbsp; 
qS = 0.6e and mSH <BR></I>&gt;<I> = 10 a.u., from which the movement of shell 
particles are linearly <BR></I>&gt;<I> proportional to the external field and 
agree with theoretical result. <BR></I>&gt;<I> But, When I change the values of 
alpha and qS to the current case (alpha <BR></I>&gt;<I> = 0.3 nm^3, and qS = 
3e), I can not get a satisfied result any more. Do <BR></I>&gt;<I> you have any 
suggestion to this point?<BR></I></DIV>
<DIV>&gt; no, but try running an energy minimization and check the final 
coordinates.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>What did you mean about checking the final coordinates?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Yes, you remind me, energy can not converge during EM process. Because, for 
some particular reason, during my simulation, I completely fixed the benzene 
atoms and make shell particles only move along the direction of electric field. 
So, as I think, the reason for no converging of energy is from no changes of 
energy during EM. Is it right?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks again for your kind help, but I am actually lost in this point, 
which stopped my job from going on.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Xie Yinghong<BR></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>