The only problem with my pdb file is that it has 1330 atoms, I think I cant use prodrg with more than 300.......<br>
As you pointed out, I will try to make a decent pdb file.<br>
<br>
One more question,<br>
This is a part of my .itp file<br>
<br>
295&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;
206&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;
14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.28<br>
&nbsp;&nbsp; 296&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;
206&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -1<br>
&nbsp;&nbsp; 297&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;
207&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot -1<br>
&nbsp;&nbsp; 298&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;
208&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot -1<br>
&nbsp;&nbsp; 299&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;
209&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot -1<br>
&nbsp;&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;
210&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.73<br>
&nbsp;&nbsp; 301&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
OM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;
OE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 210&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
-0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.365<br>
&nbsp;&nbsp; 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
OM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;
OE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 210&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
-0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -2<br>
&nbsp;&nbsp; 303&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;
211&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.62<br>
&nbsp;&nbsp; 304&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;
211&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;
15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -2<br>
<br>
while in pdb file,&nbsp; <br>
<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 295&nbsp; N&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.250&nbsp; 25.090&nbsp; 41.950&nbsp;
1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 296&nbsp; H&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.340&nbsp; 25.930&nbsp; 41.420&nbsp;
1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 297&nbsp; CA&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.620&nbsp; 25.440&nbsp; 43.320&nbsp;
1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 298&nbsp; CB&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.210&nbsp; 26.840&nbsp; 43.440&nbsp;
1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 299&nbsp; CG&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.630&nbsp; 26.980&nbsp; 42.910&nbsp;
1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300&nbsp; CD&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.050&nbsp; 28.450&nbsp; 42.940&nbsp;
1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 301&nbsp; OE1 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.680&nbsp; 29.310&nbsp; 42.130&nbsp;
1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 302&nbsp; OE2 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.780&nbsp; 28.750&nbsp; 44.050&nbsp;
1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 303&nbsp; HE2 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.010&nbsp; 29.710&nbsp; 43.890&nbsp;
1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 304&nbsp; C&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.560&nbsp; 25.240&nbsp; 44.400&nbsp;
1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 305&nbsp; O&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.800&nbsp; 24.810&nbsp; 45.530&nbsp;
1.00&nbsp; 0.00<br>
<br>
if you can see, HE2 is missing in .itp file, when i used pdb2gmx
program, this might be due to its description in ffgmx.rtp file which is<br>
[ GLU ]<br>
&nbsp;[ atoms ]<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp; -0.280&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 0.280&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 0.270&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>
&nbsp;&nbsp; OE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp; -0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>
&nbsp;&nbsp; OE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp; -0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 0.380&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; -0.380&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>
<br>
%%%%%%%%%%%<br>
Should I add that atom type in .rtp file, or is there any other way pdb2gmx can take care of this.<br>
Thanks in advance,<br>
Vissu<br>
<br><br><div><span class="gmail_quote">On 12/21/05, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Viswanadham Sridhara wrote:<br><br>&gt;<br>&gt; Hi Everyone,<br>&gt; I have a .itp file, where I want to add new atoms in between, is there<br>&gt; any way that I can add them at the end, but give the respective<br>&gt; residue number, or should they be in order and represent .pdb file.
<br><br><br>Not easy (ch. 5). Try other means, maybe prodrg, or make a good pdb file<br>from it (if it is a protein).<br><br>&gt; Thanks,<br>&gt; -Vissu<br>&gt; --<br>&gt;<br>&gt;------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;<br>&gt;_______________________________________________<br>&gt;gmx-users mailing list<br>&gt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>&gt;<br><br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org
</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://xray.bmc.uu.se/~spoel">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list
<br><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Viswanadham Sridhara,<br>Graduate Research Assistant,<br>
Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>