<div>Just a continuation of my previous email, I was wondering how the interactions between protein and lipid bilayer are included, should I put the option &quot;yes&quot; in generate pairs in ffgmx.itp or how does it work? I know its a naive question though....
</div>
<div>Thanks,<br><br>&nbsp;</div>
<div><span class="gmail_quote">On 12/22/05, <b class="gmail_sendername">Viswanadham Sridhara</b> &lt;<a href="mailto:muta.mestri@gmail.com">muta.mestri@gmail.com</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div>Hi David,</div>
<div>I did with -inter option and it worked, now I got the itp file for protein.</div>
<div>And I have taken dppc bilayer from Dr.Tieleman's website, and I inserted protein in bilayer.</div>
<div>Now my question is, should my topology file look like this:</div>
<div>#include &quot;ffgmx.itp&quot;</div>
<div>#include &quot;protein.itp&quot;</div>
<div>#include &quot;dppc.itp&quot;.......and so on.</div>
<div>I got an error while running energy minimisation,</div>
<div>it ended saying fmax norm is infinity on one atom, should I do any other steps in between, am using flexible water for EM.</div>
<div>Thanks in advance,</div>
<div>Vissu<br><br>&nbsp;</div>
<div><span class="e" id="q_10853dfbdcaf6039_1">
<div><span class="gmail_quote">On 12/21/05, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se
</a>&gt; wrote:</span> 
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Viswanadham Sridhara wrote:<br><br>&gt; The only problem with my pdb file is that it has 1330 atoms, I think I 
<br>&gt; cant use prodrg with more than 300.......<br>&gt; As you pointed out, I will try to make a decent pdb file.<br>&gt;<br>&gt; One more question,<br>&gt; This is a part of my .itp file<br>&gt;<br>&gt; 295&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;206&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;- 
0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;14.0067&nbsp;&nbsp; ;<br>&gt; qtot -1.28<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;296&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;206&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.008<br>&gt; ; qtot -1<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;297&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;207&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019<br>&gt; ; qtot -1 
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;298&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;208&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027<br>&gt; ; qtot -1<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;299&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;209&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027<br>&gt; ; qtot -1<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;210&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011<br>&gt; ; qtot -0.73<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;301&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;210&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;15.9994<br>&gt; ; qtot -1.365<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;210&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;15.9994<br>&gt; ; qtot -2 
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;303&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;211&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011<br>&gt; ; qtot -1.62<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;304&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;211&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;15.9994<br>&gt; ; qtot -2<br>&gt;<br>&gt; while in pdb file, 
<br>&gt;<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;295&nbsp;&nbsp;N&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;20.250&nbsp;&nbsp;25.090&nbsp;&nbsp;41.950&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;296&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;20.340&nbsp;&nbsp;25.930&nbsp;&nbsp;41.420&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;297&nbsp;&nbsp;CA&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;20.620&nbsp;&nbsp;25.440&nbsp;&nbsp;43.320
 &nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;298&nbsp;&nbsp;CB&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;21.210&nbsp;&nbsp;26.840&nbsp;&nbsp;43.440&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;299&nbsp;&nbsp;CG&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;22.630&nbsp;&nbsp;26.980&nbsp;&nbsp;42.910&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;300&nbsp;&nbsp;CD&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;23.050&nbsp;&nbsp;28.450&nbsp;&nbsp;42.940
 &nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;301&nbsp;&nbsp;OE1 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;22.680&nbsp;&nbsp;29.310&nbsp;&nbsp;42.130&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;302&nbsp;&nbsp;OE2 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;23.780&nbsp;&nbsp;28.750&nbsp;&nbsp;44.050&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;303&nbsp;&nbsp;HE2 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;24.010&nbsp;&nbsp;29.710&nbsp;&nbsp;43.890
 &nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;304&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;19.560&nbsp;&nbsp;25.240&nbsp;&nbsp;44.400&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;305&nbsp;&nbsp;O&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;19.800&nbsp;&nbsp;24.810&nbsp;&nbsp;45.530&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt;<br>&gt; if you can see, HE2 is missing in .itp file, when i used pdb2gmx 
<br>&gt; program, this might be due to its description in ffgmx.rtp file which is<br>&gt; [ GLU ]<br>&gt;&nbsp;&nbsp;[ atoms ]<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;-0.280&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 0.280&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 0.270&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OM&nbsp;&nbsp;-0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OM&nbsp;&nbsp;-0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 0.380&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;- 
0.380&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>&gt;<br>&gt; %%%%%%%%%%%<br>&gt; Should I add that atom type in .rtp file, or is there any other way<br>&gt; pdb2gmx can take care of this.<br><br><br>No, you should run pdb2gmx -inter and select GLUH for the residue in 
<br>question. This will put the proton on OE1, but that should still give<br>the same effect.<br><br>&gt; Thanks in advance,<br>&gt; Vissu<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; On 12/21/05, *David van der Spoel* &lt;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">
 spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt; &lt;mailto:<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Viswanadham Sridhara wrote:
<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; Hi Everyone, <br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; I have a .itp file, where I want to add new atoms in between, is<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; there<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; any way that I can add them at the end, but give the respective
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; residue number, or should they be in order and represent .pdb file. <br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Not easy (ch. 5). Try other means, maybe prodrg, or make a good<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pdb file<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from it (if it is a protein).
<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; Thanks,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; -Vissu<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; -- <br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;_______________________________________________
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;gmx-users mailing list <br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">
gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">
gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;
<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ________________________________________________________________________ <br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755 <br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">
spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank">
spoel@gromacs.org </a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank">spoel@gromacs.org</a>&gt;&nbsp;&nbsp; <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://xray.bmc.uu.se/~spoel" target="_blank">
http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel" target="_blank">http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel </a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">
gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users </a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">
gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto: <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt;
<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Viswanadham Sridhara,<br>&gt; Graduate Research Assistant,<br>&gt; Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;. <br>&gt;<br>&gt;------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;<br>&gt;_______________________________________________<br>&gt;gmx-users mailing list<br>&gt;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank"> gmx-users@gromacs.org
</a><br>&gt;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt;www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt;<br><br><br>--<br>David.<br>
________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group, <br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden
<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se </a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank">
spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://xray.bmc.uu.se/~spoel" target="_blank">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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<br>-- <br>Viswanadham Sridhara,<br>Graduate Research Assistant,<br>Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br></span></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Viswanadham Sridhara,<br>Graduate Research Assistant,
<br>Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>