<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">Hi,<DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR><DIV><DIV>On Dec 22, 2005, at 10:37 AM, 主月 :) wrote:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"> <DIV><FONT face="幼圆" color="#008000">Hi e</FONT><FONT face="幼圆" color="#008000">veryone:</FONT></DIV> <DIV><FONT face="幼圆" color="#008000">  From manual 3.2 chapter 4, i found there are many function for non-bonded or bonded interaction. The function used in my computation can be choosen by modify *.top.</FONT><FONT face="幼圆" color="#008000">But the function has already been set if we choose the force field. </FONT></DIV> <DIV><FONT face="幼圆" color="#008000">  For example, the Bond stretch function have Harmonic potential and Fourth power potential. I choose gromos96 force field when i used pdb2gmx to build molecule then it will choose Fourth power potential. Then i modify the *.top to set function to 1 that is Harmonic potential.<FONT color="#ff0000">Which is the real function used in computation?</FONT></FONT></DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV>The selection in your topology. </DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>However, most force fields have only been developed/parametrized/tested with their own choice of interactions. Unless you really know what you are doing it is not a good idea to change it (read: you will need to explain it to the referees).</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Cheers,</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Erik<BR></DIV><BR><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV>-----------------------------------------------------------</DIV><DIV>Erik Lindahl  &lt;<A href="mailto:lindahl@sbc.su.se">lindahl@sbc.su.se</A>&gt;     Backup address: &lt;<A href="mailto:erik.lindahl@gmail.com">erik.lindahl@gmail.com</A>&gt;</DIV><DIV>Assistant Professor, Computational Structural Biology</DIV><DIV>Stockholm Bioinformatics Center, Stockholm University, SE 106 91 Stockholm</DIV><DIV>Phone: +46 8 5537 8564     Fax: +46 8 5537 8214</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN></SPAN> </DIV><BR></DIV></BODY></HTML>