Dear all,<br>
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I'm solvating a protein in gromacs using genbox after running pdb2gmx
on the structure. The protein has a small cavity (about the size of
several&nbsp; water molecules) as well as several other tiny spaces
elsewhere, and GROMACS keeps putting waters in these sites when it
solvates the protein. This is undesirable, as it is actually
unfavorable for the water to be in these spots (they're apolar), but it
takes a very long time for the water to make it out of the protein
(&gt;1ns). <br>
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Can anyone suggest a good way to prevent water from getting put in
these places in the first place, aside from manually deleting the
waters every time I solvate the protein? I have thought about trying to
identify them and temporarily fill them with LJ spheres&nbsp; or
something, then remove the spheres after solvating, but that would
obviously take some work, and I thought maybe this would be an issue
someone else has already resolved.<br>
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Thanks,<br>
David<br>
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