To elaborate on David's response, your real problem is that you have
279936 waters in your system, which is over a million atoms. This is a
ridiculusly large number, so either you are using a box size that is
WAY too big, or your protein is VERY stretched out. For example, I have
a 130 amino acid protein which I solvate with something like 6,000
waters for a total number of atoms in the neighborhood of 20,000.<br>
<br>
If your computer didn't run out of memory, you'd probably be e-mailing
the list asking why your system was running so slow. If you're running
calculations on a system with a million atoms it will be ridiculously
slow. (With 20,000-ish atoms I get something like 36 node-hrs/ns for my
system, and processor time doesn't scale that well with number of
atoms).<br>
<br>
David Mobley<br>
<br><br><div><span class="gmail_quote">On 12/22/05, <b class="gmail_sendername">Wang Zhun</b> &lt;<a href="mailto:wangzhun@pumc.edu.cn">wangzhun@pumc.edu.cn</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br><br>Genbox
command works well for my previous application: solvation a peptide of
20 AAs on a Compaq AP400 working station(PII400x2,128M).<br>But when I turned to the present job:solvating a protein of 235 AAs, the job was killed. It reads like as below:<br>Initialising van der waals distances...<br>Will generate new solvent configuration of 12x12x9 boxes
<br>Generating configuration<br>Sorting configuration<br>Found 1 molecule type:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;SOL (&nbsp;&nbsp; 3 atoms): 279936 residues<br>Calculating Overlap...<br>box_margin = 0.315<br>Removed 85908 atoms that were outside the box<br>
Table routines are used for coulomb: FALSE<br>Table routines are used for vdw:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FALSE<br>Cut-off's:&nbsp;&nbsp; NS: 0.48&nbsp;&nbsp; Coulomb: 0.48&nbsp;&nbsp; LJ: 0.48<br>Generated table with 0 data points for COUL.<br>Tabscale = 500 points/nm<br>Generated table with 0 data points for LJ6.
<br>Tabscale = 500 points/nm<br>Generated table with 0 data points for LJ12.<br>Tabscale = 500 points/nm<br>Going to determine what solvent types we have.<br>There are 0 molecules, 1006805 charge groups and 1006805 atoms<br>
There are 0 optimized solvent molecules on node 0<br>There are 0 optimized water molecules on node 0<br>Grid: 90 x 90 x 63 cells<br>Killed<br><br><br>What's the problem?<br><br><br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list<br><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br>