Hello, I've downloaded charmm27 force fields (from
<a href="http://www.gromacs.org/topologies/force_fields.php">http://www.gromacs.org/topologies/force_fields.php</a>) and followed
installation instructions.<br>When I try to generate topology and structure file I'm getting the following using Charmm27 ff I'm getting the following error:<br><br><span style="font-family: courier new,monospace;"><br>
Opening library file /usr/gmx/share/gromacs/top/ffcharmm-n.tdb<br>
-------------------------------------------------------</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">Program pdb2gmx, VERSION 3.3</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">Source code file: ter_db.c, line: 85</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">
Fatal error:</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">Reading Termini Database: expected 3 items of atom data in stead of 1 on line</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;NH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;14.0027&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-0.3000</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">-------------------------------------------------------<br>
</span><br>
I spent some time trying looking at the ffcharmm-n.tdb but i cannot figure out its format.<br>
Can anyone point me to the description of the file format?<br>
<br>
Dmitry<br>
<span style="font-family: courier new,monospace;"></span>