Everything went fine at this point. Thanks David.<br>
<br>
My protein has 1343 atoms in it, but when I try to make an index file,
it is going from 1 - 1336, the only reason i can think is when I use
-inter option, I protonated 7 OE2 in GLU residue, so the difference of
1343 and 1336. But dont you think , the index file of protein should
run from 1-1343 and then the bilayer indices start.<br>
In my case, the index file of the bilayer is starting from 1337, while
in the pdb file, it is from 1344, should I manually change them?? I
hope yes.<br>
Thanks and Merrry X-mas to everyone,<br>
Vissu<br><br><div><span class="gmail_quote">On 12/22/05, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Viswanadham Sridhara wrote:<br>&gt; Just a continuation of my previous email, I was wondering how the<br>&gt; interactions between protein and lipid bilayer are included, should I<br>&gt; put the option &quot;yes&quot; in generate pairs in 
ffgmx.itp or how does it work?<br>&gt; I know its a naive question though....<br>Not naive, but it is written in the manual. Anyway, the parameters are<br>already in ffgmx.itp<br><br>&gt; Thanks,<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; On 12/22/05, *Viswanadham Sridhara* &lt;
<a href="mailto:muta.mestri@gmail.com">muta.mestri@gmail.com</a><br>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:muta.mestri@gmail.com">muta.mestri@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hi David,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I did with -inter option and it worked, now I got the itp file for
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; protein.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; And I have taken dppc bilayer from Dr.Tieleman's website, and I<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; inserted protein in bilayer.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Now my question is, should my topology file look like this:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #include &quot;
ffgmx.itp&quot;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #include &quot;protein.itp&quot;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #include &quot;dppc.itp&quot;.......and so on.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I got an error while running energy minimisation,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; it ended saying fmax norm is infinity on one atom, should I do any
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; other steps in between, am using flexible water for EM.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks in advance,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vissu<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; On 12/21/05, *David van der Spoel* &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">
spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Viswanadham Sridhara wrote:<br>&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;The only problem with my pdb file is that it has 1330 atoms, I
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; think I<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;cant use prodrg with more than 300.......<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;As you pointed out, I will try to make a decent pdb file.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;One more question,<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;This is a part of my .itp file
<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;295&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;206&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;14.0067&nbsp;&nbsp; ;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;qtot -1.28<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;296&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;206&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.008<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;; qtot -1<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;297&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;207&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
13.019<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;; qtot -1<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;298&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;208&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
14.027<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;; qtot -1<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;299&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;209&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
14.027<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;; qtot -1<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;210&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;; qtot -0.73<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;301&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
OM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;210&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
-0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;15.9994<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;; qtot -1.365<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
OM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;210&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
-0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;15.9994<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;; qtot -2<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;303&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;211&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;; qtot -1.62<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;304&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;211&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;15.9994<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;; qtot -2<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;while in pdb file,<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;295&nbsp;&nbsp;N&nbsp;&nbsp;
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;20.250&nbsp;&nbsp;25.090&nbsp;&nbsp;41.950&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;296&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp;
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;20.340&nbsp;&nbsp;25.930&nbsp;&nbsp;41.420&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;297&nbsp;&nbsp;CA&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;20.620&nbsp;&nbsp;25.440&nbsp;&nbsp;43.320<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;298&nbsp;&nbsp;CB&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;21.210&nbsp;&nbsp;26.840&nbsp;&nbsp;43.440&nbsp;&nbsp;1.00
&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;299&nbsp;&nbsp;CG&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;22.630&nbsp;&nbsp;26.980&nbsp;&nbsp;42.910&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;300&nbsp;&nbsp;CD&nbsp;&nbsp;GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;23.050&nbsp;&nbsp;28.450&nbsp;&nbsp;42.940<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;301&nbsp;&nbsp;OE1
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;22.680&nbsp;&nbsp;29.310&nbsp;&nbsp;42.130&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;302&nbsp;&nbsp;OE2
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;23.780&nbsp;&nbsp;28.750&nbsp;&nbsp;44.050&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;303&nbsp;&nbsp;HE2
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;24.010&nbsp;&nbsp;29.710&nbsp;&nbsp;43.890<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;304&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;19.560&nbsp;&nbsp;25.240&nbsp;&nbsp;44.400&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;305&nbsp;&nbsp;O&nbsp;&nbsp;
GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;19.800&nbsp;&nbsp;24.810&nbsp;&nbsp;45.530&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;0.00<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;if you can see, HE2 is missing in .itp file, when i used pdb2gmx<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;program, this might be due to its description in ffgmx.rtp<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; file which is
<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;[ GLU ]<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;[ atoms ]<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;-0.280&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 0.280&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp; 
0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 0.270&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OM&nbsp;&nbsp;-0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OM&nbsp;&nbsp;-0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 0.380&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;- 0.380&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;%%%%%%%%%%%<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;Should I add that atom type in .rtp file, or is there any<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; other way<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;pdb2gmx can take care of this.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; No, you should run pdb2gmx -inter and select GLUH for the
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; residue in<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; question. This will put the proton on OE1, but that should still<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; give<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the same effect.<br>&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;Thanks in advance,<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;Vissu
<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;On 12/21/05, *David van der Spoel* &lt; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se
</a>&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; wrote:<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Viswanadham Sridhara wrote:
<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; Hi Everyone,<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; I have a .itp file, where I want to add new atoms in<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; between, is<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; there<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; any way that I can add them at the end, but give the
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; respective<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; residue number, or should they be in order and represent<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .pdb file.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Not easy (ch. 5). Try other means, maybe prodrg, or make a good
<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pdb file<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from it (if it is a protein).<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; Thanks,<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; -Vissu<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; --<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;_______________________________________________<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;gmx-users mailing list<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org
</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David.<br>&gt;&gt;<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ________________________________________________________________________<br>&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Biophysics group,<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Husargatan 3, Box
596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124
Uppsala, Sweden<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471
4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46
18 511 755<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">
spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org
</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://xray.bmc.uu.se/~spoel">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel">
http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel">http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel</a>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br>&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
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<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;_______________________________________________
<br>&gt;&gt;gmx-users mailing list<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
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<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Husargatan 3, Box
596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124
Uppsala, Sweden<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471
4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46
18 511 755<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org
</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://xray.bmc.uu.se/~spoel">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
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<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Graduate Research Assistant,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Viswanadham Sridhara,<br>&gt; Graduate Research Assistant,<br>&gt; Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.
<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list<br>&gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se
</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://xray.bmc.uu.se/~spoel">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list<br><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
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Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>