Dear all, (especially developers),<br>
<br>
I just wanted to put in a request for future development of g_energy and similar tools:<br>
<br>
For scripting purposes, it would be really useful if the output
categories were not dependent on the details of the run. For example,
if I run g_energy on one of my free energy calculations with
orientational and distance restraints, the potential enery is #15 and
the dV/dlambda is #20. But without my orientational and distance
restraints, the potential energy is #10 and the dV/dlambda is #15. It
would be much better if both cases could be consistent and, in the case
without orientational restraints, the values corresponding to restraint
energies would simply return zero.<br>
<br>
At present, it's really obnoxious from the perspective of writing
analysis scripts, as my analysis scripts either need to know whether
distance restraints are turned on or not (in order to extract the
correct energies, if I want, say, the potential energy) or they need to
somehow run g_energy, look for the potential, and figure out what value
to input to get it. Does anyone have an easier option?<br>
<br>
Anyway -- it seems really desirable to have g_energy and other tools
work in a way that is a bit easier to automate. You could call it a
&quot;fixed index&quot; format, where different components of the energy have a
fixed index number to access them. I'd like to request that this be
included in an updated version of g_energy at some point.<br>
<br>
Thanks,<br>
David<br>
<br>