Hi all,<br>
<br>
I have tried fresh installation on the node.<br>
I got following errors....<br>
What is wrong here&nbsp; please tell me ? <br>
<br>
Gromacs-3.3 <br>
<br>
1. lam-7.0.6 installed.<br>
<br>
2. fftw-3.0.1 installed by downloading fftw-3.0.1.tar.gz <br>
<br>
2. binutils can not install. Errors are as follows..<br>
<br>
make[2]: *** [config.texi] Error 1<br>
make[2]: Leaving directory `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/binutils/binutils-2.16/binutils/doc'<br>
make[1]: *** [install-recursive] Error 1<br>
make[1]: Leaving directory `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/binutils/binutils-2.16/binutils'<br>
make: *** [install-binutils] Error 2<br>
<br>
3. Gromacs installation tried with mpi option as follows<br>
<br>
./configure --enable-mpi --enable-shared<br>
<br>
the error message: <br>
<br>
mpicc: No such file or directory<br>
make[4]: *** [libgmx_mpi.la] Error 1<br>
make[4]: Leaving directory `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-3.3/src/gmxlib'<br>
make[3]: *** [all-recursive] Error 1<br>
make[3]: Leaving directory `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-3.3/src/gmxlib'<br>
make[2]: *** [all-recursive] Error 1<br>
make[2]: Leaving directory `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-3.3/src'<br>
make[1]: *** [all] Error 2<br>
make[1]: Leaving directory `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-3.3/src'<br>
make: *** [all-recursive] Error 1<br>
<br>
Waiting for reply... <br>
<br><div><span class="gmail_quote">On 12/29/05, <b class="gmail_sendername">Dhananjay</b> &lt;<a href="mailto:dhananjay.c.joshi@gmail.com">dhananjay.c.joshi@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello David,<br>
<br>
Yes I am also now confused and according to my administrator&nbsp; I
have 16 nodes having operating system linux and the master&nbsp; is
SF440&nbsp;&nbsp;which is having Solaries 9.0 operating system and N1GE
6.0 Software.&nbsp; <br>
<br>
Well I will compile every thing on one of the node and let you know the results.<br>
<br>
Still if you have any thing to say please reply me ...<br>
<br>
Thanks..<br><span class="sg">
<br>
<br>
Dhananjay</span><div><span class="e" id="q_1087642fa8ddd2c7_2"><br>
<br>
<br><br><div><span class="gmail_quote">On 12/29/05, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">spoel@xray.bmc.uu.se
</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dhananjay wrote:<br>&gt; Thanks&nbsp;&nbsp;for reply,<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Well before that let me tell you about my system that just now I<br>&gt; discussed with administrator.<br>&gt;<br>&gt; I have 16 node grid. (In last mail I said that I have 8 nodes but now I
<br>&gt; can use all 16 nodes)<br>&gt;<br>&gt; In details:<br>&gt;<br>&gt; Operating System is Redhat WS 3.0 and 16 nodes are excutation host which<br>&gt; are installed by N1Grid Engine&nbsp;&nbsp;6.0 (i.e. N1GE 6.0 )<br>&gt;<br>
&gt; Master N1GE is SF440&nbsp;&nbsp;which is having Solaries 
9.0 operating system and<br>&gt; N1GE 6.0 Software.<br><br>This is confusing, you say you have Redhat WE 3.0 and the lines below<br>show that you have Linux on your grid master, simultaneously you say<br>that you have Solaris on the master node. It is very unlikely that it
<br>will work to mix operating systems.<br>The easiest way is to install gromacs on the master node and use NFS to<br>ount a disk on the client nodes. You can even do it in your home<br>directory, provided it is called the same everywhere. Then the
<br>instructions on the gromacs site should be sufficient to install.<br><br>If however the master runs solaris and the clients/nodes run Linux then<br>you should compile everything on one of the nodes.<br><br><br><br>&gt;
<br>&gt; Also when I typed&nbsp;&nbsp; &quot;uname -a&quot; on command line I got following information:<br>&gt;<br>&gt; Linux cdfd-grid-master 2.4.21-19.ELsmp #1 SMP Thu Aug 12 23:22:47 EDT<br>&gt; 2004 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
<br>&gt;<br>&gt; I want to install Gromacs parallel&nbsp;&nbsp;version.&nbsp;&nbsp;Will installation on<br>&gt; master N1GE is sufficient or I have to install it on all the nodes ?<br>&gt;<br>&gt; Second thing is master N1GE is having Solaries 
9.0 operating System. So<br>&gt; will it be possible to install Gromacs-3.3 on Solaries 9.0 ?<br>&gt;<br>&gt; Let me tell you that I am not&nbsp;&nbsp;master of Computer Adminitration area but<br>&gt; still I wish to workout this installation. Therefore I am following
<br>&gt; your instructions and suggestions...<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; On 12/28/05, *David van der Spoel* &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">spoel@xray.bmc.uu.se
</a><br>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dhananjay wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Hello all,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; I have tried and successfully installed Gromacs-3.3 on single node.<br>

&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Now I want to install parallel gromacs.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; start (on the master node) with make distclean, then start from the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; configure step again. It could be that the mpi library you have
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; installed is not in the proper binary format (i.e. 32 vs 64 bits).<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; when I tried it on the same node, I got error as follows:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>

&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; /usr/lib/gcc-lib/x86_64-redhat-linux/3.2.3/../../../../lib64/libmpi.a:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; could not read symbols: Bad value<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; collect2: ld returned 1 exit status<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; mpicc: No such file or directory
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[4]: *** [libgmx_mpi.la] Error 1<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[4]: Leaving directory<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-3.3/src/gmxlib'<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[3]: *** [all-recursive] Error 1
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[3]: Leaving directory<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.3/src/gmxlib'<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[2]: *** [all-recursive] Error 1<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[2]: Leaving directory
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-3.3/src'<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[1]: *** [all] Error 2<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[1]: Leaving directory<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-
3.3/src'<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make: *** [all-recursive] Error 1<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; I could not understand the meaning of these erre. Will anybody please<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; tell me ?<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Presently I can use 8 nodes. Is there any specific procedure/steps of<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; installation on nodes/grid ?<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;I mean to say should I start installation from master node&nbsp;&nbsp;?<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; 2 out og 8 nodes has gromacs-3.3 alrady installed.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Dhananjay<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;_______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;gmx-users mailing list<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org
</a>&gt;.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ________________________________________________________________________<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Husargatan 3, Box
596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124
Uppsala, Sweden<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; phone:&nbsp;&nbsp;46 18
471
4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46
18 511 755<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">spoel@gromacs.org
</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">spoel@gromacs.org</a>&gt;&nbsp;&nbsp; <a href="http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users-request@gromacs.org
</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------
<br>
&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list<br>&gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org
</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br><br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">spoel@gromacs.org
</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list
<br><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br>

</span></div></blockquote></div><br>