I have just now tried&nbsp; <br>
<br>
which binutils <br>
<br>
The output is <br>
<br>
GNU which v2.14, Copyright (C) 1999 - 2001 Carlo Wood.<br>
GNU which comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY;<br>
This program is free software; your freedom to use, change<br>
and distribute this program is protected by the GPL.<br>
<br>
<br>
Any suggestion please ?<br><br><br>
<br>
<div><span class="gmail_quote">On 12/30/05, <b class="gmail_sendername">Florian Haberl</b> &lt;<a href="mailto:Florian.Haberl@chemie.uni-erlangen.de" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
Florian.Haberl@chemie.uni-erlangen.de</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
hi<br><br>On Friday 30 December 2005 08:34, Dhananjay wrote:<br>&gt; Hi&nbsp;&nbsp;Florian Haberl ,<br>&gt;<br>&gt; Thanks for reply..<br>&gt;<br>&gt; Please go through the following...<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; On 12/29/05, Florian Haberl &lt;
<a href="mailto:Florian.Haberl@chemie.uni-erlangen.de" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">Florian.Haberl@chemie.uni-erlangen.de</a>&gt; wrote:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; hi,<br>&gt; &gt;
<br>&gt; &gt; On Thursday 29 December 2005 13:19, Dhananjay wrote:<br>&gt; &gt; &gt; Hi all,
<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; I have tried fresh installation on the node.<br>&gt; &gt; &gt; I got following errors....<br>&gt; &gt; &gt; What is wrong here&nbsp;&nbsp;please tell me ?<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Gromacs-3.3

<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; 1. lam-7.0.6 installed.<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; 2. fftw-3.0.1 installed by downloading fftw-3.0.1.tar.gz<br>&gt; &gt; with downloading this it`s not installed ...<br>&gt; &gt; follow the howto on 
<a href="http://gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gromacs.org</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; I have alrady installed according to the path suggested.&nbsp;&nbsp;I mean to say<br>&gt; that&nbsp;&nbsp;I have not used&nbsp;&nbsp;.rpm files but followed following path:
<br>&gt; ./configure
<br>&gt; make<br>&gt; make install<br>&gt;<br>&gt; The installation is sussessfull.<br>&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; 2. binutils can not install. Errors are as follows..<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; make[2]: *** [
config.texi] Error 1<br>&gt; &gt; &gt; make[2]: Leaving directory<br>&gt; &gt; &gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/binutils/binutils-2.16<br>&gt; &gt; &gt; /binutils/doc'<br>&gt; &gt; &gt; make[1]: *** [install-recursive] Error 1
<br>&gt; &gt; &gt; make[1]: Leaving directory<br>&gt; &gt; &gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/binutils/binutils-2.16<br>&gt; &gt; /binutils'<br>&gt; &gt; &gt; make: *** [install-binutils] Error 2<br>&gt; &gt;
<br>&gt; &gt; binutils should be installed on you basis system installation else update<br>&gt; &gt; your<br>&gt; &gt; linux.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Here&nbsp;&nbsp;I have tries again but of no use,&nbsp;&nbsp;still I am getting error message
<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; make[4]: Leaving directory<br>&gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/binutils/binutils-2.16<br>&gt; /binutils/doc'<br>&gt; make[3]: Leaving directory<br>&gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/binutils/binutils-
2.16<br>&gt; /binutils/doc'<br>&gt; rm -f config.texi<br>&gt; echo '@set VERSION 2.16' &gt; config.texi<br>&gt; /bin/sh: line 1: config.texi: Permission denied<br>&gt; make[2]: *** [config.texi] Error 1<br>&gt; make[2]: Leaving directory
<br>&gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/binutils/binutils-2.16<br>&gt; /binutils/doc'<br>&gt; make[1]: *** [install-recursive] Error 1<br>&gt; make[1]: Leaving directory<br>&gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/binutils/binutils-
2.16/binutils'<br>&gt; make: *** [install-binutils] Error 2<br>&gt;<br>&gt; You said that &quot; binutils should be installed on you basis system<br>&gt; installation else update your<br>&gt; linux &quot; .&nbsp;&nbsp;What king of update I needed, whether advance version of Linux
<br>&gt; or&nbsp;&nbsp;upgradation of binutild in the system ?<br><br>try something like<br>which binutils<br>binutils ---version<br>to get version information of your installed binutils, normal distributions are up to date.<br><br>

Normally you don`t have to install a new binutils version, perhaps skip this step.<br><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; 3. Gromacs installation tried with mpi option as follows<br>&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; ./configure --enable-mpi --enable-shared
<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; the error message:<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; mpicc: No such file or directory<br>&gt; &gt; &gt; make[4]: *** [libgmx_mpi.la] Error 1<br>&gt; &gt; &gt; make[4]: Leaving directory
<br>&gt; &gt; &gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-3.3<br>&gt; &gt; /src/gmxlib'<br>&gt; &gt; &gt; make[3]: *** [all-recursive] Error 1<br>&gt; &gt; &gt; make[3]: Leaving directory<br>&gt; &gt; &gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-
3.3<br>&gt; &gt; /src/gmxlib'<br>&gt; &gt; &gt; make[2]: *** [all-recursive] Error 1<br>&gt; &gt; &gt; make[2]: Leaving directory<br>&gt; &gt; &gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-3.3/src'<br>
&gt; &gt; &gt; make[1]: *** [all] Error 2
<br>&gt; &gt; &gt; make[1]: Leaving directory<br>&gt; &gt; &gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-3.3/src'<br>&gt; &gt; &gt; make: *** [all-recursive] Error 1<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Waiting for reply...
<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; seems you don`t have a proper mpich installation<br>&gt; &gt; try<br>&gt; &gt; which mpicc to see if you have installed<br>&gt; &gt; perhaps with (s)locate or find you can see if mpich is installed proper.
<br>&gt; &gt; You also have to add then the directory to your path, if you use something<br>&gt; &gt; like (t)csh than: setenv $PATH foundedpath:$PATH<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Using&nbsp;&nbsp; which and locate&nbsp;&nbsp;I found mpicc at&nbsp;&nbsp; /usr/bin/mpicc
<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Now what should I do next ?<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Dhananjay<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; On 12/29/05, Dhananjay &lt;<a href="mailto:dhananjay.c.joshi@gmail.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
dhananjay.c.joshi@gmail.com
</a>&gt; wrote:<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Hello David,<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Yes I am also now confused and according to my administrator&nbsp;&nbsp;I have<br>&gt; &gt; 16<br>&gt; &gt; &gt; &gt; nodes having operating system linux and the master&nbsp;&nbsp;is SF440&nbsp;&nbsp;which is
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; having Solaries 9.0 operating system and N1GE 6.0 Software.<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Well I will compile every thing on one of the node and let you know<br>&gt; &gt; the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; results.
<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Still if you have any thing to say please reply me ...<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Thanks..<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Dhananjay
<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; On 12/29/05, David van der Spoel &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Dhananjay wrote:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Thanks&nbsp;&nbsp;for reply,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Well before that let me tell you about my system that just now I
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; discussed with administrator.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; I have 16 node grid. (In last mail I said that I have 8 nodes but<br>&gt; &gt; now<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; I
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; can use all 16 nodes)<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; In details:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Operating System is Redhat WS 
3.0 and 16 nodes are excutation host<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; which<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; are installed by N1Grid Engine&nbsp;&nbsp;6.0 (i.e. N1GE 6.0 )<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Master N1GE is SF440&nbsp;&nbsp;which is having Solaries 
9.0 operating<br>&gt; &gt; system<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; and<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; N1GE 6.0 Software.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; This is confusing, you say you have Redhat WE 
3.0
 and the lines<br>&gt; &gt; below<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; show that you have Linux on your grid master, simultaneously you say<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; that you have Solaris on the master node. It is very unlikely that
<br>&gt; &gt; it<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; will work to mix operating systems.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; The easiest way is to install gromacs on the master node and use NFS<br>&gt; &gt; to<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ount a disk on the client nodes. You can even do it in your home
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; directory, provided it is called the same everywhere. Then the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; instructions on the gromacs site should be sufficient to install.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; If however the master runs solaris and the clients/nodes run Linux
<br>&gt; &gt; then<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; you should compile everything on one of the nodes.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Also when I typed&nbsp;&nbsp; &quot;uname -a&quot; on command line I got following
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; information:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Linux cdfd-grid-master 2.4.21-19.ELsmp #1 SMP Thu Aug 12 23:22:47<br>&gt; &gt; EDT<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; 2004 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; I want to install Gromacs parallel&nbsp;&nbsp;version.&nbsp;&nbsp;Will installation on<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; master N1GE is sufficient or I have to install it on all the nodes
<br>&gt; &gt; ?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Second thing is master N1GE is having Solaries 9.0 operating<br>&gt; &gt; System.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; So<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; will it be possible to install 
Gromacs-3.3 on Solaries 9.0 ?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Let me tell you that I am not&nbsp;&nbsp;master of Computer Adminitration<br>&gt; &gt; area<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; but<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; still I wish to workout this installation. Therefore I am
<br>&gt; &gt; following<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; your instructions and suggestions...<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; On 12/28/05, *David van der Spoel* &lt;
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &lt;mailto: <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dhananjay wrote:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Hello all,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; I have tried and successfully installed 
Gromacs-3.3 on<br>&gt; &gt; single<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; node.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Now I want to install parallel gromacs.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; start (on the master node) with make distclean, then start<br>&gt; &gt; from<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; configure step again. It could be that the mpi library you
<br>&gt; &gt; have<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; installed is not in the proper binary format (i.e. 32 vs 64<br>&gt; &gt; bits).<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; when I tried it on the same node, I got error as follows:
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; /usr/lib/gcc-lib/x86_64-redhat-linux/3.2.3/../../../../lib64/libmpi.a:
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; could not read symbols: Bad value<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; collect2: ld returned 1 exit status<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; mpicc: No such file or directory
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[4]: *** [libgmx_mpi.la] Error 1<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[4]: Leaving directory<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-
<br>&gt; &gt; 3.3<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; /src/gmxlib'<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[3]: *** [all-recursive] Error 1<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[3]: Leaving directory<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;
<br>&gt; &gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.3/src/gmxlib'<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[2]: *** [all-recursive] Error 1<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[2]: Leaving directory
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-3.3<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; /src'<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[1]: *** [all] Error 2
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[1]: Leaving directory<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; 3.3/src'
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make: *** [all-recursive] Error 1<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; I could not understand the meaning of these erre. Will
<br>&gt; &gt; anybody<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; please<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; tell me ?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Presently I can use 8 nodes. Is there any specific
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; procedure/steps of<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; installation on nodes/grid ?<br>&gt;
&gt; &gt; &gt; &gt;
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;I mean to say
should I start installation from master<br>&gt; &gt; node&nbsp;&nbsp;?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; 2 out og 8 nodes has gromacs-3.3 alrady installed.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Dhananjay<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;------------------------------------------------------------------------
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;_______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;gmx-users mailing list
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
<br>&gt; &gt; the
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org</a>
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users-request@gromacs.org</a> &gt;.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David.
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; ________________________________________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; group,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>&gt;
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Husargatan 3, Box
596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124
Uppsala, Sweden<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471
4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46
18 511 755<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt;
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
spoel@gromacs.org</a><br>&gt;
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&lt;mailto:<a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">spoel@gromacs.org</a>&gt;&nbsp;&nbsp;
<a href="http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a>&lt;<br>&gt; &gt; <a href="http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel</a>&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;
<br>&gt; &gt; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org
</a> &lt;mailto: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org
</a>&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; www interface or send it to 
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
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</a><br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org</a> .<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; --
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; David.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; ________________________________________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>&gt;
&gt; &gt; &gt; &gt; phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471
4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46
18 511 755<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
spoel@gromacs.org</a><br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; <a href="http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a> &lt;<a href="http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel</a>&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;
<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;
<br>&gt; &gt; Greetings,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Florian<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; --<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; -------------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; Florian Haberl
<br>&gt; &gt; Computer-Chemie-Centrum<br>&gt; &gt; Universitaet Erlangen/ Nuernberg<br>&gt; &gt; Naegelsbachstr 25<br>&gt; &gt; D-91052 Erlangen<br>&gt; &gt; Mailto: florian.haberl AT <a href="http://chemie.uni-erlangen.de" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">

chemie.uni-erlangen.de</a><br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; -------------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list
<br>&gt; &gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; &gt;<br>&gt;<br><br>
greetings,<br><br>florian<br><br>--<br>-------------------------------------------------------------------------------
<br> Florian Haberl<br> Computer-Chemie-Centrum<br> Universitaet Erlangen/ Nuernberg<br> Naegelsbachstr 25<br> D-91052 Erlangen<br> Mailto: florian.haberl AT <a href="http://chemie.uni-erlangen.de" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
chemie.uni-erlangen.de</a>
<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users@gromacs.org
</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br>