<div id="RTEContent"><b><i><span style="font-style: italic;"><span style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;"></span></span></span>You have used one undefined swich in mdp file. I think it is "warning"<br><br>Yang Ye<br><br>Mahalakshmi S &lt;mlakshmis@iitm.ac.in&gt;</i></b> wrote:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> Dear All,<br><br>I am a newbie to gromacs.<br>I am trying to do a MD simulation for 2ns at constant temperature of 298K <br>and a constant pressure of 1atm. Temperature and pressure were <br>regulated by weak coupling to an external bath and <br>electrostatics was dealt by using a 8angstrom Coulombic cut-off. I <br>fully solvated the structure with SPC water in a cubic box with a 20 <br>angstrom edge length. I did energy minimization for the structure using <br>steepest descents for 1000 steps and a position restrained MD run. I want <br>the system to eveolve according to
 Newton's equation of motion, with <br>equations being integrated every 2fs. I am trying to do a full MD and I am <br>getting error. I am attaching the full.mdp file. Below you would find the <br>errors which I got. Please let me know whats wrong wit my full.mdp or how <br>could I correct this error.<br><br>I executed this command :<br><br>grompp -v -f full.mdp -o full.tpr -c after_pr.grp -p ubq.top.<br><br>It gives me the following error :<br>  reating statusfile for 1 node...<br>  Sorry couldn't backup mdout.mdp to ./#mdout.mdp.2#<br>  WARNING 1 [file full.mdp, line unknown]:<br>   Unknown left-hand warnings in parameter file<br><br>checking input for internal consistency...<br>calling /usr/bin/cpp...<br>sh: gromppmMKf08: No such file or directory<br>cpp exit code: 256<br>Tried to execute: '/usr/bin/cpp  -I/usr/local/share/gromacs/top  ubq.top &gt;<br>gromppmMKf08'<br>The '/usr/bin/cpp' command is defined in the .mdp file<br>processing topology...<br>Cleaning up temporary file
 gromppmMKf08<br>Fatal error: Could not open gromppmMKf08<br><br>Thanks,<br>Lakshmi<br>title= ubq<br>warnings = 10<br>cpp = /usr/bin/cpp<br>integrator = md<br>dt = 0.002<br>nsteps = 1000000<br>nstcomm = 1<br>nstxout = 250<br>nstvout = 1000<br>nstfout = 0<br>nstlog = 10<br>nstenergy = 10<br>nstlist = 10<br>; Neighbour Searching<br>ns_type = grid<br>; Electrostatics and VdW<br>rlist = 0.9<br>coulombtype = PME<br>rcoulomb = 0.8<br>rvdw = 0.9<br>fourierspacing = 0.12<br>fourier_nx = 0<br>fourier_ny = 0<br>fourier_nz = 0<br>pme_order = 4<br>ewald_rtol = 1e-5<br>optimize_fft = yes<br>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>Tcoupl = berendsen<br>tau_t = 0.1 0.1 <br>tc-grps = protein sol<br>ref_t = 298  298<br>; Pressure coupling is on<br>Pcoupl = berendsen<br>tau_p = 0.5<br>compressibility = 4.5e-05<br>ref_p = 1.0<br>; Generate velocities is on at 300 K.<br>gen_vel = yes<br>gen_temp = 298.0<br>gen_seed = 173529<br>constraints =
 all-bonds<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br>gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</blockquote><br></div>